一、为什么论文查重时脚注都标红？
一般来说，系统可以识别脚注，将其视为引用，不参与查重，不做红色标记。但如果查重时提交的是PDF版本。因PDF无法识别脚注格式，会被当作正文查重。pdf格式解析中的错误会导致检测结果不准确。此外，系统无法识别wps制作的文档。
二、脚注查重被标红应该怎么办？
如果只是因为上传版本问题的话，那么上传时最好可以先将pdf格式的文档转换成word，然后上传进行查重。但如果一定有要求必须提交PDF版本的话怎么办呢？有修改空间的正常改。没有修改空间的部分删除、部分保留、部分挪到文末的参考文献。
三、脚注标红能如何修改？
如果学校要求查重率20%以内，又要求使用PDF测论文，而你论文的脚注已经占全文的重复率的10%以上，那删除部分脚注是必要的。但不能全删，全删你的导师、答辩组和盲审团都不会同意。所以要适当的保留或者挪到文末参考文献中。注：在删除脚注后，原文中的内容需要将直接引用改为间接引用。
脚注被标红一般都是插入格式不对。论文上传的是PDF格式还是Word格式可能会对结果产生影响，因为当上传PDF检测时，PDF会比Word多一个文本转换过程。这个过程很可能会破坏你原来正确的目录和参考格式，目录和参考格式会被混淆，导师系统会被错误地识别并标记为红色。
以知网为例，在格式正确的情况下，使用word版本长传文件，一般不会被标红，但是很多同学直接上传PDF版本，这样就可能被标红。
因为PDF在系统中进行文字转化的时候可能会出现识别不准确的情况，也无法识别这个部分是你的参考文献，当然就会被标红啦。
所以在学校没有明确规定必须以PDF版本上传时，一定选择Word版本上传。
如果不是常见的主流检测系统，数据库可能会比较杂乱，检测算法也不够正规，所以参考文献被标红的情况也会存在。
所以建议大家为了获得更准确的检测报告，并且更高效地查重降重，尽量使用学校指定地检测系统，比如知网、维普、万方等这些比较常见的主流查重系统。
查重系统标注脚注为红色的原因主要有以下几点：首先，查重系统在进行文本比对时，往往只考虑论文主体部分的文本，而对脚注和参考文献等部分的内容则不太关注。因此，如果论文脚注中引用了其他文献的观点或论述，查重系统可能无法准确判断其来源，从而误将其标红。其次，查重系统在判断论文抄袭时，往往采用了一些模糊匹配和相似度算法。这些算法往往对于含有大量引用或公式、名词解释等内容的脚注难以正确处理，导致脚注被错误地标红。最后，查重系统的算法难免存在一定的漏洞和不完善之处，有时会出现误判的情况，将本来合理的脚注标注为抄袭。
为了解决这个问题，学生在使用查重系统时应注意以下几点：首先，避免在脚注中出现过多的引用内容，尽量将引用和文献的部分放在正文中，这样可以减少查重系统的误判。其次，合理使用脚注，只在必要的地方进行引用和注释，避免出现过多的重复内容。最后，学生在提交论文前应对自己的脚注和参考文献进行仔细检查，确保其准确性和规范性，减少查重系统的误判可能性。