茱萸大概有四种，分别为：山茱萸科的山茱萸；山茱萸科的草茱萸；芸香科的吴茱萸；芸香科的食茱萸。他们之间的区别是，芸香科的茱萸有特殊香味，但是芸香科的食茱萸有刺，不太可能用来佩戴，食茱萸主要是以前人们用来作为调料用品的，古称“藙”，又有“欓子”、“越椒”等别名。吴茱萸有香气，可以用来佩戴。山茱萸科的两种，草茱萸属于草本，根茎较软，也不太适合佩戴，因此只有山茱萸可以佩戴。吴茱萸虽然有香气，但是果实颜色略暗，是密集型的圆锥形果实，山茱萸没有香气，但是蒴果晶莹剔透，非常美观。
大多数人知道古代重阳节佩戴茱萸，都是由唐代著名诗人王维的七言绝句所知，他的《九月九日忆山东兄弟》：“独在异乡为异客，每逢佳节倍思亲。遥知兄弟登高处，遍插茱萸少一人。”里面提到了“佳节”、“登高”、“插茱萸”、“团聚”。这里茱萸的习俗应该是“插”这个动作。西晋的周处的《风土记》记载：“九月九日折茱萸以插头上，辟除恶气而御初寒。”也是“插”。
在更早的晋代葛洪著的《西京杂记》第三卷里面，就提到了汉朝初“九月九日，佩茱萸，食蓬饵，饮菊花酒，云令人长寿。”。这里面我们看出，茱萸用法是“佩”。南朝梁吴均《续齐谐记》记载的故事说人们把茱萸放在一个彩色袋子里，佩戴在胳膊上，这里也是“佩戴”。
以上两种说明重阳节茱萸的用法有两种，都是用来辟邪气的，只不过，因为茱萸的红色果实，带树枝的话就好像古代人们用的簪子，可以插在头发上美观。如果从美观出发，似乎山茱萸更胜一筹。
关于三国曹植《浮萍篇》“茱萸自有芳，不若桂与兰”，南朝江总的《宛转歌》里也有：“菤葹摘心心不尽，茱萸折叶叶更芳。”，只能说明他们所指的茱萸应该是芸香科的吴茱萸或者草茱萸，但是并不能和重阳节习俗联系起来。
从植物分布来看，山茱萸分布在黄河流域为多，芸香科吴茱萸主要是以南方为主。王维是山西蒲州人，他所写的“山东兄弟”是指的华山以东，也就是自己家乡的兄弟，而山西晋南一带只有山茱萸分布，几乎没有吴茱萸，因此窃以为王维所说的“遍插茱萸”应该指的是山茱萸。
重阳节插茱萸是汉族地区大多数人的习俗，因此，不可能都是山茱萸，再加上在关于山茱萸和吴茱萸之分，现在版本《神农本草经》就有区别，此书成于东汉，经口口相传，原书在宋代以后已亡佚，因此现在版本并不能肯定就是当时原著。再加上有人发现宋代类书《太平御览》在引用该书对吴茱萸的介绍时没有“吴”字，怀疑原书恐怕只是管这味
茱萸的主要品种分别为山茱萸、吴茱萸和食茱萸等：
1、山茱萸属于山茱萸科中的灯台属，通常为落叶灌木或者小乔木，老枝条会呈现出黑褐色，新枝条则为嫩绿色，叶子为对生。通常生长在山沟、溪水或者是比较湿润的山坡里，在浙江和安徽地区有分布。
2、吴茱萸也被称之为曲药子、伏辣子和臭泡子等，是芸香科吴茱萸的近成熟果实，主要生长于温暖地区的山带或者是疏林下，分布于广东、贵州、湖南和四川等地区。
3、食茱萸的特征明显，枝干上会分布有瘤乳状尖刺，鸟儿不敢栖息，所以也有鸟不踏的名称。食茱萸的叶片为羽状复生，大约长30至80厘米，边缘有锯齿带有芳香的气味，主要分布在中低海拔山区到平地或者是开阔地区与次生林。
大多数人知道古代重阳节佩戴茱萸，都是由唐代著名诗人王维的七言绝句所知，他的《九月九日忆山东兄弟》：“独在异乡为异客，每逢佳节倍思亲。遥知兄弟登高处，遍插茱萸少一人。”里面提到了“佳节”、“登高”、“插茱萸”、“团聚”。这里茱萸的习俗应该是“插”这个动作。西晋的周处的《风土记》记载：“九月九日折茱萸以插头上，辟除恶气而御初寒。”也是“插”。
在更早的晋代葛洪著的《西京杂记》第三卷里面，就提到了汉朝初“九月九日，佩茱萸，食蓬饵，饮菊花酒，云令人长寿。”。这里面我们看出，茱萸用法是“佩”。南朝梁吴均《续齐谐记》记载的故事说人们把茱萸放在一个彩色袋子里，佩戴在胳膊上，这里也是“佩戴”。本回答被网友采纳
芸香科的吴茱萸;
2.
芸香科的食茱萸。