财政部门在行政事业单位资产清查工作中发挥着关键作用。根据暂行办法第五章，他们负责实施强有力的领导和监督，以确保工作的有效进行。
第二十五条中，财政部门对资产清查工作的组织和专项审计进行严格的监管，确保所有活动均符合国家法律、法规和财务会计制度，维护公正性和纪律性。
第二十六条强调了对行政事业单位资产损益认定和结果审核的严谨性，要求严格按照规定行事，确保审核过程的公正和准确。
主管部门在资产清查后，需进行复核，确保结果的全面、真实和准确，这有助于发现和纠正管理中的问题，提升资产管理效率。
第二十八条强调了资产清查的严谨性，要求账账相符、账实相符，不仅要查清资产的来源、去向和管理情况，还要找出并解决管理漏洞，完善相关制度。
社会中介机构在清查过程中，需保持独立、客观和公正，通过实物盘点和账务核对，依据政策和制度规定进行职业推断和评判，提供专业鉴证意见。行政事业单位需全力配合，提供所需资料和信息，不得妨碍中介机构的正常工作。
最后，财政部门有权对资产清查结果进行抽查或检查，以确保整个过程的合规性和准确性。
2006年12月13日，财政部以财办〔2006〕52号印发《行政事业单位资产清查暂行办法》。该《办法》分总则、机构及其职责、资产清查工作程序、资产清查工作内容、监督和管理、工作纪律、附则7章41条，自发布之日起施行。