隶属不同，成立时间不同，博士培养不同。首都体育学院是北京市属唯一高等体育院校。
北京体育大学是全国重点院校，国家，
211工程重点建设大学，并已成功入选国家首批
双一流建设高校名单，具有光荣的办学历史，深厚的文化底蕴和扎实的办学基础，在国内外享有盛誉，隶属
国家体育总局。北京体育大学成立于1953年，原名中央体育学院，1956年更名为北京体育学院，1993年更名为北京体育大学。首都体育学院始建于1956年，原名北京体育学校。1960年3月，经北京市人民政府批准，改建为北京体育师范学院，成为本科院校。1962年7月并入
北京师范学院。1979年2月，恢复北京体育师范学院。2000年5月，经国家教育部批准，更名为首都体育学院。首都体育大学，2003年经教育部批准，学校开始与
福建师范大学联合培养博士，2012年经国务院学位委员会批准，学校成为国家特殊需求博士人才培养项目单位，并于2013年开始独立培养博士学位研究生。北京体育大学学校以本科教育为基础，研究生教育为重点。学校拥有体育学一级学科博士学位授予权及马克思主义理论，教育学，心理学，临床医学，公共管理5个一级学科硕士学位授予权，设有体育，艺术和新闻与传播3个专业硕士学位以及体育学博士后科研流动站。
北京体育大学是全国体育类大学中的唯一一所重点大学，在2005年进入了国家211工程，是一所集训练，教学，科研为一体的国家重点大学。北京体育大学隶属于国家体育总局，是一类本科大学，他的体育教育，运动人体科学专业都是
国家重点学科。首都体育学院隶属于北京市教委，是二类本科大学。