法律分析：一、机构大小不同。按照中央编委有关规定，国务院批准的较大的市和副省部级以上单位的秘书机构才能称为“办公厅”；普通的地级市、县级市的市委部门的秘书机构称为“办公室”。副省部级以上单位才能称为“办公厅”，厅局级机构；地厅级以下单位只能称为“办公室”，处、科级机构。
二、机构设置不同。
三、行政级别不同。“市委办公厅“和”市委办公室“的区别就是行政级别不同：“市委办公厅”属于厅局级机构，”市委办公室“属于处、科级机构。
法律依据：《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》 第六十五条 各厅、局、委员会、科分别设厅长、局长、主任、科长，在必要的时候可以设副职。
办公厅、办公室设主任，在必要的时候可以设副主任。
省、自治区、直辖市、自治州、设区的市的人民政府设秘书长一人，副秘书长若干人。