很多！
001 云霄飞车杀人事件（初登场）
049 外交官杀人事件(后篇)（重感冒后喝下平次带来的白干酒变大）
190 危命的复活～第三种选择（平次扮的，后被远山和叶识破，揭穿）
191 危命的复活～黑衣骑士 （变回来的）
192 危命的复活～新一回来了（药效没过）
193 危命的复活～约定的场所（药效没过，但结尾就过了）
255 松江玉造连句十四次胜负(前篇) （出现原因不明新一看见小狗走神）
（这个可以看看！）
286 工藤新一NY事件(事件篇) （回忆）
287 工藤新一NY事件(推理篇) （回忆）
288 工藤新一NY事件(解决篇) （回忆）（一直都是工藤新一）
345 直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件（平次假扮&.回忆）
（但是看上去很帅啊！）
521 杀人犯、工藤新一（以其身份登场的是个整容的犯人，真人开始是柯南，之后化妆成死罗神）
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
524 憎恶的蓝色火花(前篇) （开头一些提到了）
OVA1柯南做梦变回了！
剧场版7 迷宫十字路 吃了感冒药（的感冒的药）喝白干变回！
修改了哦！！！！！
162 工藤新一初次事件
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（全是工藤新一！）
参考资料：http://baike.baidu.com/view/4459.htm?fr=ala0_1_1#9其实这些去百科找很好找的！