先不一定马上就走法律程序，毕竟以后可能还要合作的，先电话联系一下对方公司相关部门，说明情况，让其派人过来查看，如果对方承认质量问题，那么开出合同违约索赔函，让其与公司联系，给出答复，如何时，何地，如何将合格品送到，并按合同上陪偿金额付款就行了。
如果对方玩无赖，那么就走正常司法程序，一般商品消协如果可以处理就让消协就是了，如果比较麻烦可能还要到工商甚至法院提起诉讼，
这是范文，内容不一样，格式差不了太多，你按实际改下吧
北京XX货运有限责任公司：
200X年X月XX日，我公司委托贵公司将回流焊设备一台，通过公路运输至深圳，交付给收货人刘X（以下简称收货人），在深圳收货人验收时发现设备已经破损而拒绝接收。设备于200X年X月X日退回我公司，经贵公司和我公司双方查验，由于贵公司运输、装卸不当，造成设备和包装破损。
此次事件，不但使我公司设备损坏，遭受二次紧急调运设备的运费损失，而且使我公司对客户逾期交货，信誉受损并要承担逾期交货的违约责任。我公司向贵公司郑重要求立即赔偿以下设备修理费用和运输费损失：
破损部位及程度 费用（元）
工程索赔函范文
上罩：两合页部分螺丝穿孔，严重掉漆
1300.00
温室：合页部分及四个边角破裂
1900.00
横梁：中间部分压损
800.00
电机上罩
50.00
包装箱
450.00
修理设备运输费
400.00
设备修理人工费
1200.00
费用合计
6100.00
以上是我公司的最低要求，请贵公司于7日内支付上述赔偿金额，或者贵公司自己将设备送去经我公司认可、有相应技术能力和修理设施、设备完善的修理厂修理，贵公司承担全部修理费用。7日后如果贵公司不支付赔偿金，又不将损坏设备送去修理、恢复设备完好，我公司将自己委托修理厂修理，并通过法律途径追偿全部损失，不再通知。
顺祝商祺！
工程索赔函范文
北京XXXX有限责任公司
200X年X月X日
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