太平天国时期,各地还相继爆发了上海小刀会、捻军、苗民、白莲教、黑旗军、红巾军等反清起义。这些斗争对腐朽的满清王朝造成了沉重打击,有力地保障了太平天国运动发展。
受到太平天国运动影响,两广地区爆发了声势浩大的大成国、升平天国、黑旗军等反清运动。陈开、 李文茂等人率先在广东佛山起义,建立大成国,存在了将近20年(1854年至1872年),并逐步占据了广西 40 个州县和广东的部分地区,拥兵数十万。广西新宁发动起义的吴凌云控制了左、右江大部分地区,创建延陵国。而后延陵国在刘永福带领下,发展成为了黑旗军,成为一支活跃两广地区重要的反清力量。此外,还有活跃在湘桂边界的朱洪英和胡有禄,他们以“升平天国”为号,分解了湘军力量,有力地支援了太平天国运动。与此同时,广东还发生了规模庞大的天地会起义,号称红巾军,声震两广,影响到了五岭南北。
当太平天国定都南京后,刘丽川发动了上海小刀会起义,迅速占领了上海县城。存在了一年零五个月的上海小刀会在中外联合剿杀下以失败而告终。
山东还爆发了白莲教起义,短短数月,就拥兵达到 10 万之众,后因内部分裂而失败。在浙江,以瞿振海为首先后发动了虹侨、金钱会、莲蓬党等起义,迅速从浙南蔓延到浙东、浙北,并与太平军并肩作战,击毙常胜军头子华尔,痛击常捷军。
与太平军被清廷并称为"发捻"的捻军,主要活跃在淮河南北的山东、河南,甚至一度影响到了京津地区,严重威胁着清王朝的统治中心。清朝投入了大量的军队与捻军开展了长达十六年之久的战斗。
除此之外,还有浙江地区的抗捐抗税、台湾地区起义等运动,对腐朽的清朝造成了沉重打击。