明神宗后面是
明光宗朱常洛。
万历皇后没有子嗣，众多嫔妃中对郑氏尤为宠爱，万历十二年（1584）被晋封为贵妃，产下皇二子朱常溆，可惜夭折。皇帝对她宠爱不减，万历十四年（1586）正月初五生皇三子常洵。随后郑氏便晋封为皇贵妃，并借机乞求神宗立皇三子朱常洵为太子，自己则做皇后。两人写下合同，在
道教庙宇中立誓。 神宗的承诺，违背了祖制和封建礼制，势必引起重大的政治危机。
万历专宠郑皇贵妃，迟迟不立太子。朝中大臣纷纷猜疑，担心郑氏谋立皇三子，损害国本。他们争相提及皇储问题，奏折累计成百上千，无不是指责后宫干政，言辞之间矛头指向郑皇贵妃。万历皇帝搁置不管，仍旧宠爱郑氏。
为了平息皇储争议，万历二十九年（1601年）十月，终于皇帝立皇长子朱常洛为皇太子、三子朱常洵为福王、五子朱常浩为瑞王、六子朱常润为惠王、七子朱常瀛为桂王，争国本事件最终落下帷幕。这场万历年间最激烈复杂的政治事件，共逼退内阁首辅四人（申时行、王家屏、赵志皋、王锡爵），部级官员十余人、涉及中央及地方官员人数达三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配充军，整治另外“东林党”。
万历三十一年（1603年），就因为有谣言说万历皇帝想要换太子，矛头指向郑皇贵妃，结果皇帝株连逮捕者甚众。到了万历四十一年（1613年），又有进言，说郑皇贵妃以及福王将要谋害皇太子，结果皇帝仅仅是让福王就藩，但被郑贵妃暗中阻止了。
恭妃
王氏仍旧寂居幽宫，见不到
万历帝，整日以泪洗面，流泪度日，渐渐的双目失明了。万历三十九年（1611），王氏薨逝，大学士叶向高建议厚葬，可是皇帝居然不同意。再进言，皇帝才勉强同意追谥皇贵妃。