木叶崩溃篇 于第三场中忍正式考试中，他邀请了来自各国的诸侯、领主等观看这场淘汰赛，更特意邀请了盟友砂隐村的风影一同欣赏，并设席于其旁。因为在多次推迟考试时间后，宇智波佐助仍未赶来赴考，所以一度想取消其资格，但因‘风影’劝他多等一回而打消念头。后宇智波佐助与我爱罗进行对战期间，我爱罗忽然在这个时候大失常性。而音隐及砂隐村此时亦开始对木叶隐村发动攻击。‘风影’和他的部下把三代目火影捉到桔梗城楼之上，风影亦露出他的真面目，原来就是自己的学生--大蛇丸。大蛇丸的部下‘音忍四人众’更在城楼上结出四紫炎阵，把大蛇丸及三代目火影围起来，作为他们单独对战的地方，而结界所生之火焰亦令木叶暗部无法进入。三代目知道要逃出此阵不是一件容易的事。大蛇丸在对战前曾一度流下泪来，三代目问他是否为要伤害自己的老师而哭泣，但其实只是因为对静态事物太久而累的自然反应。 战斗甫一开始，三代目使用忍术·瓦片手里剑攻击大蛇丸，但轻易被大蛇丸躲过，对方还以颜色、以潜影蛇手袭击他;谁不知这也只是他的土遁替身。三代目之后连使土遁·土流大河、土遁·土龙弹及火遁·火龙弹狂扫大蛇丸，但大蛇丸不是泛泛之辈，虽然不敢再轻视三代目，但亦扬言自己不过这么简单被解决。大蛇丸要求三代目认真决战来个了断，三代目亦‘应邀’脱去火影制服，显露其忍者战装。不过，就在三代目使用手里剑影分术之时，大蛇丸终于使用他的终极秘技--通灵之术·秽土转生，把三代目的老师初代火影及二代火影召唤出来;更一度欲把四代火影也召唤出来，但被三代目及时以飞镖及忍法克制着。面对自己的两名老师，三代目也知情况艰难，指责大蛇丸竟然还愚弄死去的两名火影，要他们死去后还需战斗。 大蛇丸在两名火影头上插入符咒后，他们会回复肉体，但已失去任何意志，只是任大蛇丸操控的傀儡而已。初代及二代首先奔往攻击三代，被三代击开、及再以火遁·火龙炎弹攻击他们。面对火的攻势，擅长水遁的二代在没有水的情况下，仍能施展水遁·水阵壁阻挡，再反过来以水遁·水清波做成巨浪准备淹盖三代。三代随即利用土遁·土流壁筑成巨岩阻挡洪水;但就在从岩石返归城楼上之际，先后被初代拳击脚踢及二代扯入水中，在挣脱下才逃回土壁之上。二代目继续向土壁上的三代攻击，射出水柱击溃土壁，三代再度落在城楼之上。此时初代不甘示弱，展现其血继限界--木遁术，使出木遁·树界降临之术，在城楼上长出树木牢牢抓住三代。三代无法解开树枝的缠绕，于是以通灵之术召唤出战友猿猴王猿魔，并令其化为金钢如意棒斩断缠绕着的树枝。 得到友魔猿猴王猿魔的协助，三代使用其化成的金钢如意棒作为武器，跟大蛇丸从口中拿出的草剃剑对战，一度难分高下。但随即初代及二代纷纷来犯，他没法同时对战三人，只在初代及二代肢体上留下引爆符，就即被大蛇丸踢飞。大蛇丸一度走近被击于城楼面上的三代，称对其表示失望;三代亦一度因为想起童年的大蛇丸而流泪起来。但不久三代即重拾战意，以敏捷身手攻击大蛇丸，猿魔亦从如意棒中把手伸出、并欲掐死大蛇丸。大蛇丸化为泥泞而逃出猿魔的掐杀，并向三代展示自己面皮底下的另一真面目--就是利用不死转生之术、而成功侵占肉体的年轻女忍者面孔。大蛇丸亦透露这只是第二次转生的容器，而下一个目标就是拥有写轮眼的宇智波佐助。 三代目后引爆初代及二代身上的引爆符，以为顺利阻止两者的攻击;但事与愿违，因为他们秽土转生的肉体可立即修补过来。修复身躯后的两名火影，即对徒儿继续攻击。初代使用木遁术欲再抓击三代，但幸亏猿魔化成金钢牢壁及时保护他。二代亦使用黑夜行之术(漫画为初代所使)，使三代处于黑暗环境当中，并受其攻击。三代无可奈何下，决定分出两个影分身，再由两个分身分别对初代及二代施行禁术--封印术·尸鬼封尽。初代及二代被封印时，对伤害三代之事表示遗憾;而在他们消失后，三代却惊觉原来是两名音忍(萨克及琴)被当作牺牲品、以施行秽土转生这种禁术。这对一向视村民生命为至贵的三代来说，实在不可原谅，更决心要把这个逆徒杀掉。 他召来金钢如意棒，把大蛇丸手中的草剃剑打飞，并在接近大蛇丸的情况下再次施行--封印术·尸鬼封尽;而大蛇丸使出潜影蛇手欲缠着三代，但却缠着了其通灵兽猿魔。他对大蛇丸称此术不单施术者会被死神召唤而死亡，被施术者也要活在死神体内受尽折磨。大蛇丸看见死神心也慌了，召回被击飞的草剃剑，从后偷袭三代。猿魔见状本想握住飞往三代的剑，但因身体被蛇缠绊着，当它拿到时已有一半刺穿三代的身躯。双方一度对峙不下，大蛇丸不断把剑贯穿三代的身躯，而三代亦不断尝试不大蛇丸的灵体从身躯扯出来。最后因为三代自知力量不够，已无能力把大蛇丸整个灵体抽出，故决定只透过死神把大蛇丸双手废去，使其终身不能结印及使用忍术。他深信木叶‘火之意志’一定会继承下去，所以倒下时仍带着微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接着便从此一睡不起。他的召唤兽猿魔因为失去召唤者亦瞬间消失了，大蛇丸也因失去战斗能力、在‘音忍四人众’保护下离去。 当一众木叶忍者赶到时，他被发现躺在城楼上，带着安详的模样离世。后来他的葬礼由自童年时一起的队友水户门炎及转寝小春所主持，而全村均进入一片哀悼中(尤其是他的孙子木叶丸)。下忍们亦纷纷回想起曾跟三代一起的有趣经历，但现在想来更觉悲伤;惟有在他陵前献上一朵鲜花，以代表对亡者最后的祝福。
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