判断母子公司关系的主要依据是股权结构和控制权。
母子公司关系是指一个公司持有另一个公司的股权，从而对其具有控制权的关系。因此，判断母子公司关系的主要依据是股权结构和控制权。
具体来说，如果一个公司持有另一个公司的股权比例超过50%，或者虽然持股比例不超过50%，但是通过协议或者其他方式能够控制该公司的经营决策，那么这个公司就是母公司，另一个公司就是其子公司。
例如，A公司持有B公司60%的股权，那么A公司就是B公司的母公司，B公司就是A公司的子公司。另外，如果C公司持有D公司40%的股权，但是通过与D公司的其他股东签订协议，能够获得对D公司的控制权，那么C公司也是D公司的母公司。
需要注意的是，母子公司关系是相对的，也就是说，一个公司可能是另一个公司的母公司，同时也可能是另一个公司的子公司。例如，A公司是B公司的母公司，但是如果A公司还有另外一个母公司C公司，那么A公司同时也是C公司的子公司。