分别有南京理工大学、河海大学、南京大学、南京师范大学、东南大学、南京医科大学、南京工业大学、南京农业大学、中国药科大学、南京航空航天大学。
一、南京大学
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，位列国家“双一流”、“985工程”、“211工程” 重点建设高校。
现有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，“双一流”建设学科16个，本科专业89个，博士学位授权一级学科点42个，博士学位授权二级学科点1个，专业博士学位授权点5个，硕士学位授权一级学科点4个，专业硕士学位授权点28个，博士后流动站38个。
二、东南大学
东南大学（Southeast University），简称“东大”，本部位于南京，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，中央直管副部级建制，是国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校。
东南大学建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区，总占地面积5888亩；有35个院系，下设37个一级学科博士点、49个一级学科硕士点、87个本科专业；有12个学科入选第二轮“双一流”建设学科名单、5个学科在第四轮学科评估中获得A+；有全日制在校生36628人。
三、南京理工大学
南京理工大学（Nanjing University of Science and Technology），简称“南理工”，位于江苏省南京市，是隶属于工业和信息化部，由工信部、教育部与江苏省人民政府共建的全国重点大学，是国家“双一流”建设高校，“211工程”、“985工程优势学科创新平台”建设高校。
学校有南京校区、江阴校区和盱眙校区（筹建），总占地4315亩，建筑面积140万平方米；设有20个专业学院；图书馆收藏280余万件印刷型文献；全日制在校生30000余名，留学生1000余名；有教职工3500余人，专任教师2200余人。
以上内容参考：百度百科——南京大学