有两点原因，第一点原因就是当地百姓的阻拦，他们封建迷信认为如果要挖到第3层的话，就会让人的精神错乱，除此之外那就是当地的文物保护法规定了，当时的一些考古条件并不是特别成熟，害怕因为一时的疏忽造成了文物的破坏，因此综合考虑之下，当时的考古文物专家小组就决定暂时停止对9层妖塔的开发以及挖掘。但是这样的做法却在国外的很多键盘侠眼里看来，那是因为中国人害怕一些迷魅魍魉认为这些9层妖塔里面存在着一些鬼怪，所以说才停止了这种继续挖掘的说法。但是我们国家后来用科学的事实严厉的打击了这些国外喷子的嘴脸，让他们认识到了什么才叫做真正的科学。
9层妖塔位于我国的青海附近，而这妖塔也位于一个知名的古墓之中，这个古墓被称作为热水古墓，非常的出名，但是正是因为非常的著名，造就了这个古墓经常的被一些盗墓贼光顾。就比如说在国民战争期间，当时在青海这一带有一个著名的军阀头子，这个人的名字叫做马步芳，他是国民党蒋介石手下的一员大将，当时为了能够给国民党的军队凑足一些军费，他就来到了这个吐蕃王室的古墓之中，并且带领着大量的士兵对这里进行了挖掘。通过几天几夜的开挖，这个马步芳他们获得了大量的文物，并且将这些文物全部搬空了，虽然说他们获得了大量的军费支持，但是却造成了这种文物的破坏和损失。
一直到后来新中国成立后的几十年的时间中，国家派遣了大量的考古人员来到了任何一代，对这个传说中的9层妖塔进行了考察，当这些考古人员进来后，他们便痛心接受，因为这些文物都受到了大量的破坏，并且还遗失了很多的珍贵文物，但是考古专家们还是发现了大量的历史文物，因为在这些残余的遗迹之中，还是有一些比较珍贵的历史资料的，但是正当这些考古专家们发掘第3层的时候，却受到了当地百姓的百般阻拦，当地百姓告诉这些专家们，只要进入了第3层，那么人们出来之后精神就会变得不正常，由于百姓的阻拦让这些考古专家们一时犹豫不决，再加上不久之后出台了一系列的文物保护法。
于是考古专家们就立即停止对这个9层妖塔的开挖了，希望在日后科学考察技术完善的时候，再次对这个9层妖塔进行挖掘，希望能够得到传说中的各种珍贵的历史资料吧，这样一来可以让我们更加了解古代民族文化的一种发展脉络。