五峰后河国家级自然保护区采用分区管理模式，划分为五个功能区：核心区（38.35 km²，占总面积37.1%）、实验区（45.31 km²，占43.8%），缓冲区（19.74 km²，19.1%），生态旅游小区（9.05 km²，8.8%）。在各个区域，保护区实施了严格的保护措施：
保护区重视体系建设，建立了局、站、点三级管理体系，以及专职、兼职、信息员三支保护队伍，采用执法、管护、稽查等管理方式，并构建了巡护网络和责任制度，确保资源的有效保护。目前，有41名专职人员和31名农民兼职管护员参与工作。
在管理措施上，保护区强化巡护工作，包括宣传教育、巡护检查、依法保护和执法、明确管理目标等。通过功能分区和联合保护，设立了哨卡和检查站，鼓励当地居民参与保护，成效显著。近六年无涉林刑事案件，连续24年无森林火灾，森林资源和生态环境得到有力保护。
保护区的保护成效体现在生态系统和物种多样性上，物种群落保护良好，多样性和丰富度有所增加。这些成就得到了各级领导部门的认可，保护区荣获多项荣誉，如林业先进工作单位、野生动植物保护红旗单位等。