青海三江源国家级自然保护区的管理依据国务院批准的《三江源国家级自然保护区》功能区划，对保护区进行了科学合理的分区。具体如下：
核心区：这是保护区的心脏地带，总面积达到31,218平方千米，占据整个保护区总面积的20.5%。这里是生态系统最原始、最完整的地方，对于水源保护和物种保护具有极其重要的意义。
缓冲区：围绕核心区设立的缓冲地带，面积为39,242平方千米，占总面积的25.8%。这个区域旨在减少人类活动对核心区的影响，同时允许进行科学研究和生态教育。
实验区：保护区的最大部分，总面积为81,882平方千米，占总面积的53.7%。实验区是对生态系统进行监测、管理和可持续利用的区域，允许适度的人类活动，如生态旅游和社区发展。
这样的功能分区，旨在实现生态保护与社会经济发展之间的平衡，确保三江源地区的水源涵养、生物多样性保护以及地方社区的生计和发展得到兼顾。