“食医合一”这一说法的出现尚不清楚源于何时，似乎是近代才出现的。20世纪30年代，我国已有该说法。伴随着养生保健热，20世纪80年代，国内开始出现了一些“药食同源”或“医食同源”的论述。同样深受中国医学影响的日本在近代也有“医食同源、药食一如”的相关论述。“食医合一”这一概念实际是中国传统医学中食疗、药膳、养生等方面的思想反映，表现在药物的发现上。
目前各种观点认为药物的发现和人类的觅食活动有着紧密的联系。1973年，在河北藁城台西村商代遗址中发现了植物种子30余枚，经鉴定主要为蔷薇科植物的种子，其中以桃仁为主，还包括郁李仁、杏仁等。
中医方剂中有五仁丸，即由桃仁、郁李仁、杏仁、松子仁、柏子仁五位药组成，遗址中发现的种子似乎是一种药方的组合。而这些种子的原植物的果实又是食物的来源，预示着这些药物的发现可能与饮食相关。药物发现和食物的渊源，尤其反映在“神农尝百草”的典故上。这个故事体现了人们在寻找食物中发现了药物，说明了早期食物和药物的界限是模糊的，这种认识也体现在“食医”分工的出现上，也体现了古人对食物治疗功能的认识。
我国历代对“食医合一”及食医界限的认识是一个从模糊到清晰的过程。从药食同源的起源可以看到古人对食物功能的认识层次：首先是无毒，且能够食用，提供基本营养；然后，发现了食物的其他功能：治疗和保健。对食物的治疗之“理”，很早就有相关探索。古人认为食物和药物一样具有性味理论，包括四气五味、归经、升降浮沉等。
食医虽合一但亦有界限，在古人认识药食界限的同时，形成了既可以做药品，又可以做食品的“药食两用”品种，并在医书和本草中对这些品种进行了大量而详细的论述。
历代药食两用品种主要体现在食疗和食养两个方面，尤其是食养是现在保健思想的体现。当前随着人们对健康的重视，具有补益和预防疾病作用的功能性食物受到推崇和重视，这也促进了保健食品行业的发展，传统药食两用品种中很多具有保健功能。另外，传统上“食医合一收到相当的重视，卫生部门先后颁布了“即是食品又是药品的物品名单”对这一类型进行规范。
“食医合一”是古人在食物和药物发现中总结的智慧。