这是中国环境保护发展史上一个非常重要的时期。在这一时期内，中国的环境保护从管理战略、管理体制、管理思想和管理目标上都进行了重大的改革和调整，环境保护进入到实质性的阶段。
首先，在1996年7月，国务院召开了第四次全国环境保护会议，做出了《关于环境保护若干问题的决定》，明确了跨世纪的环境保护目标、任务和措施。启动了《污染物排放总量控制计划》和《跨世纪绿色工作规划》，实施三河、三湖、两区、一市和一海污染治理的“33211”计划，在全国范围内开展了大规模的重点城市、流域、区域、海域的污染防治及生态保护工程。这次会议确立了新时期的环境战略，将以污染防治为中心的战略转变为污染防治与生态保护并重的战略上来，使我国环境保护目标更加明确、任务更加具体、工作更加务实、思路更加清晰。至此，中国的环境保护工作进入了一个崭新的阶段。
其次，1997~1999年，国家连续三年就人口、环境和资源问题召开座谈会，从可持续发展战略的高度提出了建立和完善环境与发展综合决策、增加环境保护投入、强化社会公众参与和监督以及环保部门统一监管和分工负责等管理机制。同时强调，要依法落实地方政府的环境责任，并要求各级地方政府党政一把手要“亲自抓、负总责”，做到责任到位、投入到位、措施到位。依法保障环保部门的统一监管职能，在管理思路上要实行“抓大放小”，即通过抓综合决策、抓宏观管理、抓产业结构调整来促进和带动微观环境管理工作。
再次，1998年国家机构改革中，环境保护地位得到了加强，环境管理的职能进一步明确，行政管理体制上实现由“块块管理”向“条块结合”管理体制的转变，环保部门的统一监管职能得到了加强，并使这种职能具有较大的相对独立性。
2002年1月8日，国务院召开了第五次全国环境保护会议，在总结“九五”期间环保工作经验的基础上，提出了今后5年中国环境保护的工作任务和目标。提出环境保护是政府的一项重要职能，要按照社会主义市场经济的要求，动员全社会的力量做好这项工作。
2006年4月17日~18日，国务院召开了第六次全国环境保护会议，这次会议总结了“十五”期间我国的环境保护工作，并部署了今后5年的环保任务，要求各地要进一步提高对环境保护重要性和紧迫性的认识，把环境保护摆在更加重要的战略位置，把环境保护的责任落实到位，抓紧制定环境保护专项规划，进一步落实加强环境保护的工作措施，建立和完善有利于环境保护的体制机制，加大环境执法力度，提高环保工作水平，努力开创我国环保事业新局面。
总之，中国的环境保护经历了30多年的历程。一共召开了六次全国环境保护会议，其中第一次、第二次、第四次会议是3个重要的里程碑，分别标志着中国环境保护的3个阶段的开始，在各个不同的历史时期具有承上启下的作用。
当然，目前中国的环境保护工作压力巨大，形势仍然严峻，许多成果没有得到巩固和发展。
知识点
“33211”工程
1996~2000年是我国的第九个五年计划实施时期，其间我国确定了污染治理工作的重点——集中力量解决危及人民生活、危害身体健康、严重影响景观以及制约经济社会发展的环境问题。污染防治以水和大气为主，水污染防治重点抓三河(淮河、辽河、海河)、三湖(太湖、滇池、巢湖)，大气污染防治重点抓“两控区”(二氧化硫污染控制区和酸雨控制区)，城市环境保护重点抓北京市，海洋环境保护重点抓渤海。这项工程涉及三河、三湖、两区、一市、一海，故简称“33211”工程。