南京985高校: 南京大学 东南大学
南京大学 著名的C9联盟高校之一，仅次于北清复交和浙大的中国排名第六的大学。前身更是堪称过亚洲第一的国立中央大学，学校现有15个世界一流 学科建设学科，更有三个学科获得教育部A 评估。
东南大学虽不是与南京大学是同城双子星，但也是原著名的建筑老八校和四大工学院之一的南京工学院，有11个双一流学科，并凭借建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、艺术学理论等五个被教育部评估为A 的学科一举在数量上超过南京大学位于江苏省第一。
非985的211高校:南京理工大学、南京航空航天大学、河海大学、南京农业大学、南京师范大学、中国药科大学。
首先说到其中唯一非部属的南京师范大学，由于非部属师范高校的原因不是免费师范生六所招生高校之一，但是凭借南京地理位置优势加上自己强大的实力在报考热门度上也是超过了教育部直属的陕西师范大学和西南大学，仅次于北师大、华中师大和华东师大，拥有地理学一个双一流学科。
同属于工信部的南京理工大学和南京航空航天大学，也都属于国防七子之一，一个在兵器一个在航空、航天、民航都是行业内的佼佼者。
作为水利最高学府的河海大学参与过三峡、南水北调等重大项目，其水利工程专业获教育部A 评估。
中国历史上第一所由国家创办的高等药学学府中国药科大学也是现在和天津大学（除第二、第四军医大）仅有的两所医药类211工程大学。中药学为双一流学科 。
作为倡议发起过世界农学奖的南京农业大学在学科学科设置上也是一半专业为农业、生命科学类专业，学校双一流学科为作物学、农业资源与环境。
其他实力高校: 南京工业大学（国家一级重点学科:化学工程与技术）
南京邮电大学（双一流，双一流学科:电子科学与技术）
南京医科大学（重点学科:内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学）
南京信息工程大学（双一流，双一流、A 学科:大气科学）
南京林业大学（双一流，双一流学科:林业工程）
南京中医药大学（双一流，双一流学科:中药学）
南京财经大学（博士后流动站1个：应用经济学）
南京审计大学（中国审计最高学府）
