1、机制与保障
在订单教育的实施过程中，学校和企业虽然有专门的人员和机构进行管理，但运行效率不高。企业在管理订单类时，通常只安排个人负责日常管理事务。如有变化，秩序课的协调与沟通工作将停止，整个教学的实施将受到很大影响。订单协议中有利于学校的相关条款，企业是否在没有制度保障的情况下履行，企业是否可能因经营风险而违约，都没有明确的规定，这些都会影响订单班按照协议内容顺利运转。
2、经营理念的差异
企业的经营理念和学校的人才培养理念是有区别的。企业主要注重效率，这决定了当企业生产任务紧张繁忙时，企业兼职教师往往不能按固定时间授课，在实施过程中不能按计划进行教学，频繁调整。学生培训的实施势必影响企业的生产过程，增加企业的运营成本。如果是在企业的生产线上，可能会增加一线的废品率，给教学计划的实施和企业的管理带来困难，影响整个订单培训的质量。
3、培养目标的差异
在与企业的合作中发现，一些企业学生将其作为廉价劳动力使用，以缓解订单骤增带来的用工荒问题。他们没有按照既定的合作协议实施订单式培训，没有达到预期的培训目标，没有将学员纳入企业的长期人力资源开发计划，导致人才培养质量下降。有的只是简单的合作，过于形式化，课程改革和实施缺乏深入的合作，导致学生对企业不信任，厌学，中途退出订单班，最后离开订单企业。这样会给校企合作带来一定的损失，企业也会失去订单合作的积极性。
订单式人才培养是高职教育教学探索的一种新的人才培养形式，是人才培养的新尝试，是社会对人才需求的体现，是办学理念的有益探索。它的成长将面临种种困难和曲折，需要我们在合作教育中加以探索、总结和完善。
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