并不是凭空消失了，只是解散了。有些就直接在九宫山隐居起来重新当上了农民，又或者是找个山头落草为寇，有些也有可能会投降清军，有些会投降南明。
一、闯王李自成的斗争史
崇祯二年（1629年），李自成参加高迎祥领导的农民起义，后为闯王高迎祥部下的闯将，勇猛有识略。荥阳大会时，提出“分兵定向、四路攻战”的方案，受到各部首领的赞同。高迎祥牺牲后，他继称闯王。当时中原灾荒严重，社会阶级矛盾极度尖锐，李岩提出“均田免赋”等口号，获得广大人民的欢迎，部队发展到百万之众，成为起义军中的主力军。
崇祯十六年（1643年）在襄阳称新顺王，并在河南汝州歼灭明陕西总督孙传庭的主力，旋乘胜进占西安。
崇祯十七年（1644年）正月，建立大顺政权，年号“永昌”。不久攻克都城，推翻明王朝。四月，多尔衮率八旗军与明总兵吴三桂合兵，在山海关内外会战李自成。李自成战败，退出京城，率军在河南、陕西抗击清军。
顺治二年（1645年）三月，大顺军逼走南明将领左良玉，占领武昌，李自成计划乘舟东下，夺取东南作为抗清基地。但大顺军尚未准备充分，清军分水陆两路突然袭来，李自成仓促弃武昌向东南进发。
顺治二年（1645年）5月17日，在湖北通城县九宫山遭村民误杀。（另有一说李自成死亡地点为湖北咸宁市通山县九宫山。
二、李自成几十万大军哪里去了
李自成死于九宫山后，手下大顺军余部本来是奉李自成三弟接班的，但由于李自敬魄力与能力难以服众，导致大顺军人心涣散，军队走向分裂解散，各奔前程了。
他们有些就直接在九宫山隐居起来重新当上了农民，这个是很有可能的，据考古学家考证，九宫山有很多大顺军曾生活过的遗迹。
有的人又或者是找个山头落草为寇了，毕竟在乱世落草为寇是很常见的。
有些也有可能会投降清军，毕竟当时一直被清军追着打，难免有些会被清军打怕，最终选择投降了清军的人。
还有些人或是投降南明，投靠南明的可能应该比较多，因为投靠南明是继续与清作战的最好归宿。像李自成的侄子就投奔了南明朝廷，所率原本大顺军被南明皇帝赐封“忠贞营”
总之，那么多部队不会凭空消失，只是史料上没有，我们也不能瞎猜的太离谱。还是要注意结合当时的历史环境和社会现实来分析。九宫山的大顺军是树倒猢狲散，各自散去，大顺军不在了，都各自有了归宿，换了个行头、新身份继续生活，倒是给人感觉像是消失了一般。
说来也有意思，闯王李自成的墓地在全国竟然有四处，而后人编纂出来的说法更是神乎其神。无论是明史，还是绥寇纪略、永历实录等等诸多史籍之中的记载，闯王的确是死在了九宫山。而他的十万大军一路溃败，所剩无几，在闯王死后隐居在九宫山附近。
1926年，郭沫若路过九宫山，曾凭吊过李自成，明确指出了李自成死在了九宫山。解放之后，通城县为李自成修了墓，郭沫若还专门前来题字。不过这墓还没建多久，就有专家反驳道：在通山县被程九伯打死的李延才是李自成。郭沫若见此，马上就发了声明否定了自己从前的判断，人云亦云将李延便是李自成一说编进教科书之中。
通城和通山为了一个李自成之死明争暗夺，通城民间为了证实李自成确实是在九宫山被人打死，在九宫山附近搜罗了数千件大顺朝的遗物。这些遗物大多数来自通城县附近的人家，原来这里都是李自成亲属的后裔还有大顺军队的遗民，由此可以证明，李自成的大军并没有离他远去，而是在这里默默守着他。
这些大顺朝的遗物大部分是来自于明朝皇宫，还有当年李自成军队从官府和富豪手上缴获而来的战利品，在上面都加刻着大顺国的年款。这其中就有相当数量的大顺朝的信函、文书等原始的文字材料证明李自成确实已经死在九宫山，而并非出家或者隐居，这些大顺朝的资料记载和明史之中的记载是相吻合的。
当年李自成从北京一路溃逃到九宫山，沿途被清军和吴三桂夹击，李自成和大部分的部队失去了联系。加上当时李自成军中鼠疫横行，一路上死伤严重，到了九宫山元帝庙，李自成被当地人打死之后，这些随行的军士没有了领导之人，只得就地解散，隐居在附近。
李延是李自成的侄子，大顺昭侯，不可能是李自成，夹山寺的那位和尚更像是牵强附会，没有实际证据证明。李自成另一个侄子李过在隐居之后曾写下祭大顺皇帝文、永昌遗恨录等等证实李自成已死的文献，另外李过还曾经画过李自成的墓葬图。
另外，像李自成这般的人物，如果真的想要隐居养精蓄锐的话，绝对不会对外放出自己已经死了的话来。他明白只要自己一死，那些被冲散的大顺军就没了主心骨，早就散了。而郭沫若自我打脸，将野史写进教材的做法，确实有失考量。
李自成被吴三桂与清军联手打败后，撤出了北京城，退往老巢西安。但由于受到了清军的穷追猛打，最终放弃了西安，往东南撤退，想要取东南为根据地，再争天下。他也确实进行的挺顺利，逼走了左良玉，占领武昌，有复苏之迹。
但还没完全喘息过来，清军就又打来了，而且是水陆并进，顺便还切断了李自成往东取南京的路线。
于是李自成只好又放弃武昌，向西南进军，准备转入湖南再做打算，大顺军在过湖北通城九宫山时，李自成率轻骑几十人登山探路。
但倒霉的是，他居然在探路时被当地土民武装姜大眼带人给杀了。农民出生的李自成居然最终死于农民之手，时也！命也！其实李自成怎么死的一直是个迷，这种死法只是其中的一种，也是都比较认可的一种。
李自成死于九宫山后，手下大顺军余部本来是奉李自成三弟接班的，但由于李自敬魄力与能力都是不够格的，大顺军觉得跟着他没出息，于是根本不听从其指挥，大顺军这个时候其实已经不能被称作是大顺军了。大顺军算垮了，军队走向分裂解散，各奔前程了。
他们有些就直接在九宫山隐居起来重新当上了农民，这个是很有可能的，据考古学家考证，九宫山有很多大顺军曾生活过的遗迹。
又或者是找个山头落草为寇了，毕竟在乱世落草为寇是很常见的。
有些也有可能会投降清军，毕竟当时一直被清军追着打，难免有些会被清军打怕，最终选择投降了清军的人。
或是投降南明，投靠南明的可能应该比较多，因为投靠南明是继续与清作战的最好归宿。像李自成的侄子就投奔了南明朝廷，所率原本大顺军被南明皇帝赐封“忠贞营”。
总之九宫山的大顺军是树倒猢狲散，各自散去，大顺军不在了，都各自有了归宿，换了个行头、新身份继续生活，倒是给人感觉像是消失了一般。
李自成当时由于被土民武装所杀，被秘密埋葬，而李自成的大顺军为了给李自成报仇，又将九宫山附近全部土民都杀光了，也导致很多人不知道李自成死了。这就又有了一个传说，李自成带着自己的大顺军通过九宫山的一个暗道，去了一个世外桃源，并在那里生活下来了。