1.引爆摩天楼 某天，柯南在整理信件时，发现了一封寄给自己的信，原来是有名的建筑师－－森谷帝二邀请新一去参加他举办的茶会。小兰问新一红色和蓝色他喜欢哪个没办法以新一身份去参加的柯南，打电话要小兰等人代替他去，但小兰开出另一个条件，要新一和她在5月3日晚上十点一起去看电影。原来5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把这件事给忘了。在茶会上小兰和森谷帝二谈起要和新一约会的事。
到了5月3日当天下午，小兰便出门了。柯南在无可奈何之际，看见新闻说火药库的火药被窃，而且最近发生了许多纵火事件，似乎都出自同一人之手；而后这个犯人打电话给新一，声称手里有炸弹，要新一马上到堤向津川绿地公园，不然就会有人死。柯南用划板迅速赶往公园，发现侦探团的孩子正在玩一架来由不明的轰炸机。虽然柯南击毁了飞机，但还是发生了爆炸。 这时罪犯又来电话，说3点在米花车站广场会有炸弹爆炸，提示是在树下。柯南来到车站，发现原来炸弹是放在一个装猫的宠物篮内，因为日语树根和猫同音，但篮子被人拿走了。柯南好不容易才追到篮子，可只剩20秒了，在倒数16秒这时记时器突然停了，但柯南刚把炸弹带走一会儿就又开始跳动。柯南将炸弹带离人群，但炸弹还是爆炸了，他也受了伤，进了医院。
在医院里大家怀疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影响的案子是前西多摩市的冈本市长开车撞人案，那个市长因为此案而下台，西多摩市的市政建设计划也因此而取消了……不久犯人又来电话，声称在东京都环状线上装了5颗炸弹，在下午4点后，行驶的列车速度不满60公里，或太阳下山了，那么就会爆炸，提示是炸弹在“XX之X”，而侦探团的孩子也在车上。柯南从太阳能想到，炸弹是在“铁轨之间”，但事后发现用去的炸药只是被偷的1/4。
白鸟警官发现几处被破坏的建筑都是森谷帝二30岁前设计的，大家来到森谷帝二家调查，柯南在他家的作品展览室发现了西多摩市的市镇建设计划模型……没多久柯南就使犯人露出了原形。
看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花市政厅中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗！此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。最后，只剩下两条电线，到底应该剪哪条呢？是剪有小兰和新一的幸运色的那条？……此时是5月4日零点！
2.第14个目标 正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射伤而住院了，就在第二天，小兰的母亲—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事务柯南射小兰的一刹那所里，紧接着阿笠博士也被歹徒用十字弓射伤，每一个凶案现场都分别留下了有关黑桃扑克牌上K、Q、J上的物品，三人的名字内都有13、12、11的数字，且被害者都与小五郎有关系。到底这张扑克牌代表着什么？难道是死亡……
根据线索，目暮警官推断犯人可能是……十年前，扑克牌赌场的经营人村上丈，被当警察的小五郎逮补。侦讯中，村上丈借口内急而挟持了来找小五郎的妃英理，企图逃走。枪法一流的小五郎第一枪掠过妃英理的腿部，然后再一枪击中村上丈，才结束了这场惊险的事件。之后小五郎引咎辞职了，妃英理也和小五郎分了居。这件事对小兰的打击非常大，她从此对父亲失去了信心。而村上丈在上个礼拜假释出狱了……
怪异的连续袭击事件是按照着扑克牌的顺序进行的，这一次出现的牌面是黑桃十。遭到犯人毒手的是小五郎打高尔夫的球友辻弘树。柯南等搭乘辻弘树所驾驶的直升机，弘树驾驶前必要点的维他命被人给掉包了，眼睛遇太阳刺眼得张不开，失去了视力，所幸柯南及时降落，逃过了一劫而黑桃十出现在辻弘树家中。凶手的杀机笼罩着所有和小五郎有关的众人……
为了名字里有九的旭胜义，大家随泽木公平来到了著名的海上娱乐中心乐乐广场。柯南发现了现场的人们名字中都含有「数字」。难道犯人把所有的猎物都一网打尽吗？在海底餐厅里，他们并没有发现嫌犯--村上丈的踪影，却发现了主人旭胜义留下的纸条（其实是凶手留的）。在酒室中泽木公平遭袭。当大家回到餐厅时，却发现了实业家旭胜义的尸体。
被困在大厅里的众人纷纷找寻出口，刹那间灯熄了！名模特儿小山内奈奈的手却发出了闪光，然后惨遭毒手，而在她的尸体旁边有一张黑桃七的扑克牌。此时巨大的爆炸声响起，犯人炸毁的餐厅。大家逃离了海底，正当柯南指正凶手时，凶手捉了小兰当人质，并要柯南将手枪丢给他，一切的景象就跟小五郎当年面对村上挟持妃英理做人质一样……
3.世纪末的魔术师 罗曼诺夫王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这日本关西名侦探服部平次活跃登场!无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了俄罗斯大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏於防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，看还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。
神秘的枪口对准了怪盗基德!到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀 也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商乾被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。
但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南(新一)的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了……
4.瞳孔中的暗杀者
连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。 这意味着什么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而巨大组织的内部秘密却如高墙般不可窥探！
柯南与小五郎前往警事厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：「Need not to know〔无需知道〕……」 这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部组织有关！
小五郎 、柯南和多名警察参加白鸟警部妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和女警佐藤都在化妆室中， 正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，佐藤女警为掩护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入化妆室时犯人却已不着痕迹地脱逃了，这时，小兰却因承受不了佐藤女警重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去多罗碧加乐园，却误认为犯人放松警惕。此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……最后在喷水池中，兰想起了以前和新一的事，找回了记忆，并狠揍了一顿犯人。
5.通往天国的倒计时
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩徽章天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络… … ？
柯南一行人及高木前往超高层摩天大楼参加落成典礼，另一方面，大概知道工藤新一还活著现身在这典礼上，黑衣组织全员出动，在这典礼上杀害数条人命，同时命令灰原哀暗中地进行另一项破坏计划，那就是将这大楼给炸毁,不留活口。当灰原完成任务后，打电话给琴酒说："任务已经完成了",在一栋300层的双摩天大楼里，灰原哀引爆大楼里的变电器，使得整栋大楼大停电，引起大家的恐慌，纷纷透过空中走廊逃往隔壁大楼避难，唯独小兰困在该大楼而没逃出来，空中走廊被爆炸的威力给炸断，但又必须救出小兰，因此柯南利用他的滑板飞越这天际到爆炸的大楼里，成功地将小兰给救出，但走廊炸断了，滑板也无法让两人成功地飞越这天际，小兰便想到利用蹦极的方法带著柯南从高处往下跳……
6.贝克街的亡灵
东京·米花市·米花市政大楼。这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏“茧”的发表会。结合了最先进技术的“茧”，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了“茧”。另一方面，“茧”的研发者兼负责人—坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称“诺亚方舟”的人工智慧闯入“茧”的电脑系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：“在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。”开始了一场失控的游戏。一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
7.迷宫的十字路口
在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。
瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定联手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！
8.银翼的魔术师
一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！
9.水平线上的阴谋
15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。
然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失……
获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时出动了东京海上保安厅的人对海上进行搜查，陆地上也有警视厅的人在八代英人出事的地点进行再搜查。与此同时，理所当然地我们的小主人公柯南也展开了他最擅长的推理。而这次包括乘客和船上工作人员，总共有600名嫌疑人。于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。
为了不影响乘客的情绪，船上的晚宴仍然如期举办。在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外——油轮的机房发生了大爆炸！犯人更在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。
10.侦探们的镇魂歌
在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是……
就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走成为了人质，白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。
11.深蓝色的海盗旗
太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在
过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。
今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。
到神海岛度假游玩的柯南一行人遇到了一群来寻找财宝的探险人“treasure追求者”。他们中间笼罩着一种非常诡异的气氛。小兰、园子和他们一起潜水的时候遇到了鲨鱼的袭击，尽管小兰和园子侥幸逃脱，但其中一人被鲨鱼袭击死亡。为了探求真相，柯南和灰原一起展开了调查。海底宫殿中究竟隐藏着怎样的秘密？超越了300年时光的暗号，将由柯南为你解开！
12.战栗的乐谱
近日，发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有超强乐感的天才歌手的歌声。
可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑的事件。
而在音乐会当天，柯南和女高音秋庭被袭，飘流在河流中，兰等人所在的音乐会场，突然发生了大爆炸。众人被包围在火海中柯南和秋庭唱出了准确的音调，顺利向警察求助，柯南等人在音乐会场外心急如焚，音乐会场内的所有人却不知道任何危险的靠近……
室外，23根柱子被炸！
最后，进入了音乐会场的柯南找出凶手就是相马光的爸爸（那个调音师），柯南和会场内的所有人差点都要死了，后来灰原哀用元太的竖笛吹出：32224，被柯南猜出是狙击，佐藤从另一个地方射一弹，调音师手中的遥控器就掉,被高木抓获。调音师说出了杀人的理由，和钢琴家和好。
13.漆黑的追踪者
少年侦探团一行在米花之森里捕捉甲虫，柯南在这里获得了博士新开发的背带，竟然可以吊起元太，（这东西在剧末有大用处）其中发现有一只雌性甲虫背上帖了带有OPEN的交叉纸条封印，这是之后的关键情报之一，之后对“标签甲虫”的悬疑再次以博士的冷笑话把这个猜测谜题结束，而那个冷笑话是关于中国传说牛郎和织女的哦
案件是一个以麻将牌为提示的连续杀人事件
其次是警视厅的内奸，具体的发现是因为那个群马县的冒失警察（本剧场版里已经晋升为警部）在开会后哼哼起了【七只乌鸦】的旋律，被柯南听到后追踪，结果发现了某个警察进了那辆黑色的保时捷，佐藤警官向周围人提起了毛利侦探办案时候柯南给的许多提示和不可思议的故事，被某内奸听到（这个内奸大家绝对想不到多厉害，稍后揭示）
会议中的时候，毛利的冒失推理让暮目警官赞叹要是工藤新一在就好了，横沟警官说工藤好久不出现了，这时候高木竟然冒失的说出在黑衣骑士的时候工藤出现的故事，被某内奸听到
一个黑影在屋子里用了电脑，因为他是内奸，所以很容易就入侵了警视厅的电脑，屏幕显示了许多江户川柯南的档案
本剧场版首次把TV内容和剧场连接起来，其中包括黑暗骑士章，灰原与组织重逢章，镜头转向柯南和同学在帝丹小学的手工课泥塑，光彦捏的是甲虫，步美是月兔，而原太是鳗鱼- -|||，柯南是海豚
深夜，一个黑影分别侵入了帝丹高中以及帝丹小学，这就是那个内奸，因为他了解了柯南的资料和一些故事后产生怀疑，拿走了海豚泥塑上的鳍和黑衣骑士的衣服，对比了海豚鳍上的柯南的指纹以及黑衣骑士演剧的套装上工藤新一的指纹，结果发现98%一致！此事镜头转向小兰打碎了柯南的饭碗，似乎暗示了什么厄运
此后嫌疑人锁定无关人物，抓捕过程中又是那个群马警部提早亮出了警官证导致抓捕一度失败，嫌疑人的女友紧张下以刀威胁警察要放了他男友，并用刀刺向琦玉县警部（首次登场的警察之一，有几分妃英理的气质），这时候目暮警官挡下了那一刀，也就是预告片了的那段，并非是被黑暗组织的人刺杀，嫌疑犯本人则劫持人质，而那人质不是别人，正是苦艾酒装扮的人，之后柯南偷偷跟到了地下停车场揭露她的身份，理由是追踪眼睛看到她左裤筒里有手枪形状的痕迹，至于苦艾酒为什么故意被劫持，我就留个谜底吧，苦艾酒给了柯南的提示是组织的另外一个人，爱丽舍，即那个警视厅内奸。。。爱丽舍是新人，是我自己根据日语发音翻译的
镜头转向关西的京都和大阪，柯南给服部电话，要他调查那个京都宾馆火灾事件，可是和叶在旁边吓了服部一跳，于是在窗边接电话的服部险些从3楼掉下去摔死
预告片中虽然黑暗组织的狙击手瞄准了佐藤和高木的头，但是打的却是汽车轮胎，他们还没那么傻直接和警视厅对着干，只是给了个警告，之后佐藤开始怀疑警视厅内有内奸，因为他们的行动路线被掌握
真正的嫌疑人是一个十分娘娘腔的男人，姓水谷，女友叫奈奈，死于一起宾馆火灾事件，至于事件和复仇理由我也留作谜底，本来是7张麻将牌，但是听到有人说真正的嫌疑人水谷说到8个人不能原谅时候明白了
毛利小五郎虽然开始推理错误，但是后期在群马山野观看北斗七星时得到启发，成功推理了一些脉络
警视厅一行向东京塔奔袭
而博士那边接连发现身上贴有交叉封印的甲虫，少年侦探队的小朋友们认为这是求救，于是到了第一次目击甲虫的地点，这时候回忆预告片，那时候少年侦探队3个真正的小学生似乎被袭击了惊讶的惨叫，但是事实上那是博士不放心他们被灰原劝说来到了树林的突然出现吓到了步美等人，在那里发现一个小屋，但是亮着灯，里面闪过拿手枪的人的身影，于是博士给高木和佐藤电话，高木佐藤临时改道去了米花之森，森林入口闪过一辆摩托车，不是别人的，正是苦艾酒的车子，而那个屋子里闪过的拿枪的影子。。。
警视厅长松本和众人到达东京塔
柯南则通过调查知道娘娘腔的水谷和奈奈的兴趣是看星星，单枪匹马到了东京塔，水谷似乎正准备结束自己，柯南又一次像忘记了黑暗组织一样开始耍酷做推理
最惊险的时刻，突然发现一个黑影闪过，白鸟，千叶等警官竟然全被打昏！！！！！
推理结束的时候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南准备反击，手枪突然响了，警视厅厅长松本出现，还说真及时啊
但是。。。。。。为什么那些打昏的刑警里没有警视厅长呢。。。因为现实是可怕的，于此同时米花森的小屋里那个人真的发现了一个被绑架的人，那人不是别人，正是松本厅长本人！而东京塔的松本厅长却是黑衣组织的人伪装的，那个伪装者，就是爱丽舍！！！柯南早就知道这个松本是伪装的，于是举麻醉枪射击，不料射偏。。。
小兰为什么会出现在东京塔呢，因为园子在看电视直播东京塔的时候电视里独自奔袭的柯南被电视台镜头捕捉，园子打电话给兰说发现了柯南的位置，正担心柯南的兰知道了之后立刻去了东京塔
奈奈的哥哥举刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而一个勾拳打得对方吐血
柯南又开始耍酷推理，说出了爱丽舍的伪装和黑组织的一些事情，不料后来爱丽舍一句话让他当时就闭嘴了。。。爱丽舍揭露了柯南就是工藤新一！但是他没有告诉过琴酒和伏特加，至于为什么，就是因为联系到灰原遭遇黑暗组织的那集里，当时琴酒杀了任务失败的皮思可，而那个皮思可是爱丽舍尊敬如父亲的人啊。。。所以爱丽舍缄默了，即便早知道了柯南的正体也不说给琴酒那些货色！
之后开始虐柯南，比毛利扔柯南更可怕，一顿暴打。。。拳拳将柯南打飞，最后一下踢飞到墙角
之后经过一段时间，兰来到柯南那里，但是她不知道这个松本是假的，先去关照了柯南，看到了预告里柯南的话，兰，快逃跑。。。兰回头却发现假松本用手枪指向了她，于是事情回到了TV第一集新一告诉兰子弹的原理，伪装的松本开枪的时候兰竟然成功躲避了枪击，但是飘逸的长发被打碎不少
这个假松本（爱丽舍，非常强壮，而且竟然是兰级别更以上的空手道高手）兰的几次踢头攻击全然无效，而最后一次踢头把爱丽舍的假脸踢烂了一半，漏出半张真脸（可以参照NARUTO里的大蛇丸），于是兰被吓了一跳，惊讶和恐惧之余，反而被爱丽舍一拳打飞，正要结束兰的爱丽舍，突然听到了新一的声音，惊讶之余（因为他知道柯南就是新一）但是不知道变声器，于是放弃了兰去追击柯南，柯南将手表灯埋在门后，爱丽舍看到手表的灯亮后以为柯南在屋子里就开枪。。。结果却不是。。。
这时候柯南突然出现，一个足球踢出去，不想爱丽舍极为强壮，再次无效，而且爱丽舍枪法极准，对着柯南能发出充气皮球的腰带和强力踢鞋就是几枪，于是柯南的宝贝道具除了开头的新背带，变声蝴蝶结和眼镜，还外寄存在东京塔服务员那的滑板以外，装备全部报销
经过追击，到了塔顶，柯南在楼梯后埋伏一个漂亮的飞踢成功让强壮的爱丽舍头撞台阶眩晕，柯南夺枪，但是黑色直升机突然出现。。。。柯南一犹豫，爱丽舍反击，掐住柯南的脖子按在地上。。。在此我不解释的那个秘密。。。因为那个秘密，爱丽舍被琴酒下令让基安蒂用狙击枪残忍杀害了。。。。琴酒。。。。真是太残忍了，对待同伴毫不留情啊。。。之后快死的爱丽舍知道自己被组织背叛反而告诉柯南，你要继续追击下去啊，将黑暗组织揭露！
柯南被直升机的机枪追到塔顶，机智的他利用了他的背带伸长反弹能力，自己用背带跳到了东京塔中部，背带强力伸缩反弹将一个东西弹起，正好击中了黑色直升机，直升机坠毁。。。而琴酒等人生死如何？结果还是在坠毁前逃掉
14.迷雾中的狙击手
你说的那集是96集 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件★
参考资料：http://baike.baidu.com/view/2898.htm