因为你说的剧情是分布在不是同一集漫画里面的,所以不好说具体到哪一话.
我就以我个人的语言来阐述下过程好了.
卡卡西与佩恩对战,并没有给钉子打中脑袋,而是用了万花镜写轮眼,把钉子扔到其他的空间去了.后来卡卡西知道了天道的能力,所以叫丁次把天道的能力告诉纲手,但是修罗道为了阻止丁次,就向丁次发射导弹,卡卡西为了保护丁次,所以就堵上性命用了最后一次万花镜写轮眼,就把导弹扔到其他空间,因为查克拉使用过度,自己就去了太平间.
纲手为了保护村子里面的人,所以解开了额头上的封印,用了蛞蝓之术.后来因为蛞蝓之术群疗，造成查克拉过度损耗，目前仍然昏迷中.
鸣人后来分别打倒了六道,找到佩恩的主体.然后鸣人想通了和平的含义,于是就和长门(佩恩的本体)进行讨论和平的含义,最后长门愿意相信鸣人可以带给这个世界和平.于是使出了外道,让木叶所有的人都复活了,当然也包括卡卡西.最后因为佩恩查克拉使用过度,头发变白,人就去世了.
大蛇丸的部分比较前,是佐助VS鼬的时候的事情了.大蛇丸被鼬的酒泉剑封印了,应该是死了
最后,回答楼主的问题.大蛇丸死了,纲手昏迷,生死未卜,卡卡西没有死,最后佩恩也死了,这次战争最后是以鸣人的胜利收场的.
问题补充:
1.小南和长门并没有拯救鸣人,而是把自己的理想寄托给鸣人.因为小南的理想是跟长门相同的,后来长门听了鸣人对和平的含义,所以就愿意相信鸣人,当然小南最后也相信鸣人.
2.长门对木叶进行破坏是有几个原因的:
第一 因为木叶的忍者在战乱的时候,因为找食物而误杀了长门的父母,长门为了报仇所以就对村子进行毁灭
第二 因为晓组织就是要收集九个尾兽,鸣人刚好是人柱力,所以佩恩就过来捉鸣人,因为鸣人迟迟不肯出现,所以就用神罗天征破坏了村子.
3.因为后来长门用了外道复活了木叶所有的人,查克拉使用过度,就死掉了.既然长门死掉了,小南也就离开晓组织了,因此也不必继续进行任务.所以九尾不再是她们的目标了,所以小南就带着长门和天道的尸体走了.
4.鸣人没有被小南带走,而是回到了村子
参考资料：个人见解,如果不同,还望海涵!