第1集：云霄飞车杀人事件
黑衣组织 主线情节：新一和小兰在游乐园碰到了杀人事件，迅速解决此案后，新一发现了行踪诡秘的伏特加（Vodka），跟踪继而发现了Vodka在进行黑吃黑的非法交易。然而过于集中注意力的新一没有发现如幽灵般出现在身后的琴酒（Gin），被一棍打翻后灌下了APTX4869，继而变小，柯南的历程也因此展开。
看点：1 小兰的空手道（一拳将电线杆给击碎），超级野蛮女友。
2 GIN的登场。金色长发，黑色风衣，如果说新一是上帝的天使，那么GIN就是被流放的撒旦之子。也许动漫史上也很难找出能与他比肩的反面角色了。所谓人生得一知己难求。然而得到一个旗鼓相当的对手难道不是更难求吗？我们的柯南有了这样的对手，不知道是幸福还是悲哀。不过个人感觉那个时候TV的画风好像还比较幼稚，大家可以仔细看看GIN的眼神，完全没有到了第二、三部时那种让人不寒而栗的阴冷。
3 阿笠博士古怪的发明。
评价：故事本身的推理没有什么可讲（而且由此开始，以后只要每次涉及主线情节，青山都会加进一个和主线毫不相干的案件），只是对GIN的处理方法略有微词：老大，虽然你知道开枪的声音会引来警察，难道你就不会套上个消音器吗？干吗还要傻傻地去灌什么毒药。GIN的一个托大，无意间便给组织在未来的日子里添了一个超级难缠的角色！奉劝所有致力于走黑道的漫迷，以后一旦你们把敌人逼入了死路，一定要用最简单干净的方法处理敌人并亲眼看着他在你面前停止呼吸5分钟……
第48～49集：外交官杀人事件
主线情节：来到毛利侦探事务所的关西名侦探服部平次给感冒的柯南喝白酒，之后遇到了一位来寻找小五郎的外交官妻子，结果到外交官家里后却发现外交官死亡。当服部平次自以为破获这起谋杀案时，柯南变回工藤新一突然出现并指出平次推理的错误，圆满解决了案件。最后因为解药药效消失而再次变小。
看点：1 服部平次根据小兰和新一的对话推断工藤新一就在小兰家附近，把柯南吓出一身冷汗。（关西名侦探的名声的确不是吹的）
2 服部平次在罪案现场的推理。（看上去的确十分完美，当然仅仅是表面上的完美）
3 工藤新一出现后与小兰的对话。（小兰真的好可怜，见到新一两眼泪汪汪）
评价：虽然案件和主线剧情无关，并且黑衣组织也没有出现在里面，但是服部平次的一个恶作剧使柯南第一次变成新一，并知道了解药的秘方（感冒＋中国白干）。以后的集数中这个秘方被多次使用。不过解药发现的过程和秘方让人十分无语。
第54集：电玩公司杀人事件
主线情节：在电玩公司里柯南偶遇了组织成员龙舌兰（Tequila），并从他嘴里第一次听到了Gin和Vodka的名字，没想到倒霉的Tequila却误提了别人的手提箱，被手提箱中的炸弹炸死做了大冤鬼。
看点：终于知道了Gin和Vodka的名字叫Gin和Vodka，并且第三位组织成员Tequila的登场对300多集以后的故事也有着伏笔的作用。
第128集：黑衣组织10亿元抢劫事件
主线情节：关于TV较之漫画所出现的BUG问题，我这里不详细讲。此集中宫野明美（黑衣组织成员）假扮银行职员，参与策划了一起银行10亿元的绑架案，随后几天内共犯陆续被神秘地杀人灭口。柯南查到了明美的蛛丝马迹，在她家搜寻证据时被明美击昏，清醒后尾随明美而去至一仓库，却发现明美已倒在血泊之中，而幕后的凶手，居然就是黑衣组织！！
看点：1 Gin和Vodka终于再次登场！！此时的Gin和第一集就大不一样了，寒冰一样的眼神，微微冷笑的嘴角，调侃的口吻以及视人命如草芥的态度
2 宫野明美，一个灰原迷们必须了解的人物，在本集中有不错的表演。光是小哀的姐姐的身份，就足以使人关注了吧？
评价：明美死前的描述（“这是一个被层层迷雾笼罩的庞大组织……”）让大家对黑衣组织逐渐有了一个初步认识，主线情节终于慢慢浮出了水面。
第129集：来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
主线情节：柯南他们班里新转来一位名叫灰原哀的女学生。不料当晚她竟然告诉柯南，她是黑衣组织的成员。原来灰原是组织里开发APTX4869的主要负责人，原名宫野志保，组织代号“Sherry”。而上一集中被GIN击毙的宫野明美，居然就是灰原的亲姐姐。因为姐姐的死，使得灰原以停止药品研究作为抵抗手段来报复组织，结果被组织锁在毒气室准备将其处决。抱着必死之心的灰原吞下了事先藏好的APTX4869企图自戕，不料竟也和柯南一样身体变小，并从毒气室里逃了出来。最后为阿笠博士所收养。
看点：超人气偶像灰原哀的登场。这个酷劲十足的女孩智商超群，推理能力仅比柯南稍逊一筹，并且有着谜一般的过去。与小兰不同的是，小兰过于完美，而灰原正是有着所谓的“人格缺陷”，反而让人觉得比小兰更耐看，更有味道。
评论：灰原登场的影响是深远的。不仅是柯南的内容由简单的推理秀开始向主线故事情节发展的标志，也是柯南开始反弹的开始。之前由于推理内容开始重复并且已经到了一定的集数，使得观众开始逐渐对柯南失去了兴趣，收视率开始逐年降低。然而自从灰原出场以后，收视率爆增至排行榜首位并且高居不下，一举奠定了柯南在日本第一动漫的地位，而我们广大的柯南迷从此也开始分裂成新兰恋和柯哀（新志）恋两大阵营。一切的一切，都说明灰原哀这个角色的魅力有多大！
经典画面：1灰原开枪射击，酷到极点！！
第130－131集：竞技场无差别胁迫事件
故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。
第170－171集：黑暗中的死角
故事本身没有主线情节出现。然而这集却是为今后的主线情节打下了一个相当经典的伏笔。这个伏笔一直到了345集才被解开。让人不得不佩服青山的魔鬼思维。初次登场的新出医生..
第176－178集：与黑衣组织的再会
主线情节：柯南和灰原在放学回家的路上，竟然发现了Gin的保时捷车，于是对其进行跟踪..
看点：1 柯南终于第一次和黑暗组织进行了对决。结果可说是不分胜负。他没有阻止住杀人事件，但也没有让灰原落入魔掌。
2 Gin展示里一点不输给柯南的强大实力：仅从留在车上的一根头发就发现了跟踪器并且准确猜出了是灰原所为；酒窖里又凭着灵敏的听觉发现了躲在壁炉内的灰原，更可怕的是他居然能做到隐忍不发，大冷天跑到顶楼等着灰原自投罗网，为的就是给灰原一个完美的葬身之地，实在是个完美犯罪主义者；接着中了柯南的麻醉枪后，居然牛B到了给自己的胳膊来了一枪从而防止自己被麻醉，这份狠辣实在让人叹为观止。
3 灰原变大的样子。
4 故事结尾黑衣组织又一重量级人物Vermouth登场，原来她就是饭店宴会上的美国知名演员Chris Vineyard，并且她透露自己将要留在日本，似乎要进行某项行动。
评价： 主线情节的第一个高潮，除了那个穿插的杀人事件破绽很多以外，可以说是相当精彩的一集。并且给之后的剧情发展留下了伏笔。另外，窃以为灰原哀的生命力实在是和圣斗士中的星矢有的一拼，身中数枪居然几天后就安然无恙了……
经典画面：饭店里灰原担心自己的样子会被组织认出来的时候，柯南摘下自己的眼镜为灰原带上，笑称：有了它连超人都不会被认出了。这个画面被很多柯哀迷一致评为柯哀最为经典的一瞬。
第226至227集：战斗游戏的陷阱
故事中的案件依然和主线情节八辈子打不着一杆。然而这集却是青山一个最大骗局上演的开始。本集中又一个举足轻重的人物，小兰的英文老师Juddie登场。乍看之下她只是一个身材火辣，性情开朗并且毫无心机的洋妞，然而故事里她却会时常若有所思的盯着进行推理的柯南，故事结尾更是引起了柯南迷滔天的疑惑和猜测：告别柯南的时候，突然意味深长的对柯南说了句：Bye bye, cool kid.然后在公寓里的通电话中我们更是发现原来此人身份绝不简单，她似乎正在负责监视着某人，而此人正在上学中（大多数的柯南迷都一口咬定这个某人便是柯南），同时她给被监视的人取了一个代号叫“腐烂的苹果”……
第230－231集：迷一样的乘客
主线情节：侦探团在乘公交车去滑雪的途中邂逅了新出老师和Juddie老师。此时公车上突然上来了两名劫匪。原来他们要拿乘客当人质来交换被警方关押的老大。同时灰原猛然感觉到车上有组织里的人，并且此人带给她的压迫感竟然如此之大以至她无法克制地浑身颤抖起来。柯南成功地揭穿了劫匪的阴谋，并且连同Juddie老师一起制服了劫匪。
看点：1 故事一开头Gin、Vodka和Vermouth就相继登场，Gin和Vermouth还来了段相当出彩的对手戏。在Vodka缠问Vermouth最近的行动时，Vermouth甩出了一句经典台词：A secret makes a woman woman!(神秘感让女人更有女人味)这句台词也成为了青山骗局里的一个重要棋子
2 Juddie老师再次登场，这次她越发让人觉得不简单了...
3 又是一个神秘人物赤井秀一登场。逼人的气势，冰冷的眼神制服歹徒过程中一个没有劈下去的肘锤还有最后那句“目标目前不在现场，我将在事后重新进行跟踪”都使得柯南迷们再次陷入了赤井真实身份的大讨论中。甚至有人还有理有据的说赤井其实就是Gin……
经典画面：1 柯南在小册子写上了问Juddie要口红，将小册子从椅子底下甩给Juddie,Juddie看过之后掏出口红往椅子底下一掷，被柯南准确接住，两人配合天衣无缝，让人拍案叫绝。
2 车中炸弹要爆炸时，灰原仍然没有逃走，她想就此结束自己的生命。此时柯南再次出现，用灭火器砸碎（漫画是用枪击碎..可能考虑到幼儿向的问题吧汗= =b）了车窗，并且在炸弹爆炸前的一秒中抱起灰原跳出窗外，被炸弹的冲击波推出老远。绝对有好莱坞大片的影子。
第253－254集 本厅刑事恋爱物语4
本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。有人认为有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。
第258－259集 来自芝加哥的男人
又是比较精彩的一集。又是一个神秘人物James Black登场。而灰原也不知为何表现出对赤井有着极度的恐惧。故事最后表明James和赤井是同事关系
第269－270集 犯罪的纪念品
案件本身无关紧要，与主线有关就是暮目提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是Vermouth，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和小五郎有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导。
第271－272集 急忙掩饰的忽略
案件不表。故事里小兰因为Juddie留下的一个关于X对于女性意味什么的作业而头痛不已，而Juddie在案件结束后又是再抖劲料：It is almost time to pick the apple!预示马上就会有一个大行动了。故事结尾Vermouth坐在电脑前给Gin写E-mail的时候提到了X。她说X表示kiss，只有女性可用，同时它又是仇恨的标志，
第277－278集 英语教师vs.西部名侦探
主线情节：柯南将毛利被人调查的事告诉了博士，..
评价：1 非常精彩的一集，表面上轻松幽默笑料百出，然后背后却是惊涛拍案、针锋相对。
2 从来不知道服部平次的英语居然说得那么溜那么地道！真是让我这个英语系的学生汗颜了。相比之下，柯南充满了日语口音的英语就差多了。新平的比较在这点上，服部平次可说是占了压倒性的优势了，呵呵！
3 Juddie老师也展现了她的傲人身材。唐明皇就爱出浴的杨贵妃，难怪我们两位血气方刚的小侦探会激动的面红耳赤了……
（这一集的重点就是在最后Juddie的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和Vermouth的一模一样，按照后来的说法，这是Juddie曾潜入新出（Vermouth）的房间，发现相关的照片后复制的，同时Juddie也借此知道了Vermouth的目标是哀，不过当时这些照片的出现，显然给了我们Juddie=Vermouth的很大的误导。另外柯南最后说的除Juddie外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）
第279－280集 迷宫的阴暗
主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去Chris的网站上查过信息。发现她就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，面对记者的追问，Chris曾神秘的回答道：A secret makes a woman woman!另外，有希子也出现在了莎隆的葬礼中，但是她的帽檐压的很低，所以美国的网站上显示当时并没有人认出有希子的身份，只是谣传说日本的前人气女明星也出席了葬礼。
第286－288集 工藤新一NY事件
主线情节：小兰在餐厅用餐时晕倒，继而回想起了几年前和新一一起去纽约的经历：有希子带着新一和小兰去百老汇看经典歌剧“不和的金苹果”。小兰也因此而见到了心中的偶像莎隆宾亚德。原来有希子和莎隆曾师出同门，两人同时拜在一位魔术大师的门下学习易容术。而小兰发现莎隆似乎对上帝十分不屑，自称“天使从来没有向我微笑过”。然后又是老方一贴的发生了与主线无关的杀人事件。解决事件后，新一和小兰在回旅馆的途中撞上了近来在纽约疯狂作案的日籍银发杀人魔。杀人魔在欲将两人灭口的时候不慎失足从楼上摔了下去。却被新一和小兰合力拉了上来。新一更是对杀人魔说出了让小兰芳心大动的名句：人杀人的理由我是不知道，但是人救人是不需要理由的！杀人魔也因此放过了两人。第二天消息传来，杀人魔自杀身亡。而莎隆也给有希子打了电话，声称“看来我也有自己的天使”。
看点：1真正的主人公工藤新一为数不多的几次出场之一，而且有极其拉风帅气的个人秀（面对杀人魔时的台词＋动作）
2有希子作为柯南动画中最有人气的成年美女，将再一次展现“老娘聊发少女狂”。
3大明星的母亲也是大明星，莎隆究竟是个怎样的人？为什么她的身上也散发着神秘诡异的气息？其实她便是……
4赤井秀一亦有重要戏分。和Gin一样冰冷的眼神以及逼人的霸气……原来小兰是在纽约见过赤井，并且见到FBI的人员管他叫"Sir",那么看来赤井也是FBI的人吗？
评价：1 主线剧情的重要性可以列入前三甲，属于必看级别。否则当你在看345集的时候会一头雾水的!
2 如果你爱她，那么就送她去纽约，因为那里是天堂，如果你恨她，那么就送她去纽约，因为那里是地狱……
经典画面：前面已经着重介绍了，新一面对杀人魔的枪口，说出了经典台词，然后抱起小兰看都不看杀人魔一眼扬长而去。
（按照后来剧情的说法，当时的银发强盗其实是沙朗为让赤井秀一掉以轻心以便于刺杀而假扮的（但是好像仍没有成功，自己还挂了彩），这也是为什么现场所有的痕迹都被抹去的原因（当然真正的银发强盗早已被灭口并伪装成自杀）。正因为沙朗被两人救过命，所以日后才对两人处处维护。事后她在和有希子的电话中提到的“看来我也有自己的天使”指的应该就是兰（她此后一直将兰称为天使）。另外故事最后提到赤井秀一和FBI在一起，暗示了他的身份）
第307-308集 没有声音的证词
主线情节：3名委托人造访毛利侦探事务所。说是寻找失踪了的有名的软件工程师板仓。3人分别是各自游戏公司的职员，委托板仓开发不同的软件。小五郎从发送给3人的图象来到旅馆的房间。但是与委托人一起进入房间的时候，板仓却已死亡。案件调查中柯南发现板仓竟然和黑衣组织成员龙舌兰（TV54 电玩公司杀人事件）有过接触，同时他还发现板仓有张用来写这几年的日记的软盘。柯南认定软盘中有有关组织的信息，于是火速解决了案件，拿到了软盘准备去博士家一探究竟。谁知他和小兰在回家的路上，竟撞上了好像突然从地底冒出来的赤井秀一。
第309－311集 与黑衣组织的接触
主线情节：在和莫测高深的赤井正面接触了之后，柯南匆匆赶到了博士家，说明来意后两人用电脑打开板仓的日记软盘。日记比较详细地记录了板仓和黑衣组织接触的经过，原来黑衣组织一直在威胁板仓为其制作一款神秘的系统软件。同时柯南发现双方交货日期以至便决定瞒天过海以板仓的身份去和组织进行碰头，随即他便和博士驱车来到板仓一座匿于深山老林中的别墅，此时恰逢Vodka打来电话，为避免黑衣组织得知板仓以死的消息，柯南当机立断用变声器伪装板仓声音将交易时间提前，双方约定4小时后在东京进行交易。在赶回东京的途中，柯南作为热身收拾了两个珠宝大盗，之后拜托博士留下处理两人，自己独闯龙潭。结果柯南留在假系统软件上的跟踪器再次被Gin识破，幸而自己及时躲进了储藏柜逃过了Gin和Vodka的追击。
看点：1赤井秀一终于站在了兰和柯南的面前。并且对兰抖出猛料：“你怎么又在哭啊？每次看到你都在哭……你就和我认识的一个女孩一样，表面十分坚强，却时常躲在无人的角落里流泪……”这个女孩到底是谁呢？看赤井的描述，最有可能就是灰原了。
2黑衣组织的一项惊天计划开始浮出水面：先是板仓认为自己无法制作组织命令他开发的软件，因为“为了全人类”，他不能这样做，接着日记中又提到当板仓通过电话问Vermouth：“你们到底想要干什么”的时候，Vermouth冷笑着回答道："We can be both god and devil, since we're trying to raise the dead against the stream of time."（我们既是魔鬼也是神，因为我们想将死者从时间之流中拉起）原来组织开发APTX4869这种神秘药物是为了使死人复活!!那么他们究竟想复活谁呢？主线情节变得越来越扑朔迷离了……
3柯南和Gin第二次较量，Gin凭着超人的智商和高度的警惕性不费吹灰之力就识破了柯南的把戏，而柯南仅凭着“身体上的优势”逃过了一劫，并且GIN留下的余威使得柯南躲在储藏柜中不敢出来，差点闷死在里面。这一次看来GIN是稍胜一筹了。
4灰原哀和赤井秀一擦肩而过，脸色大变，看来他们两人之前的确有着某种关系。
评价：1 其实故事值得看的就只有309集的前一半和311集的后一半，中间的部分有点无聊。
PS：赤井说兰“经常”哭，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探所，因此多次看见兰暗暗哭泣，我觉得他这句话是对柯南说的，表明自己就是监视毛利侦探所的人，但是没有恶意。
2 柯南和灰原都对对方隐瞒了太多的东西，其实两个人如果能把自己所知道的都讲出来，一道分析讨论一下，情况会明朗的多。
第329集－330集 金钱买不到的友情
本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，并且是阿笠博士的旧识。
第335－336集 东都显影所的秘密
主线情节：有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。
看点：1 跟踪者原来是赤井秀一的人。故事结尾赤井看着车中一张侦探团的照片（照片上的灰原是个特写镜头），喃喃自语道：“不过，还真像啊……”看来赤井的确认识变小前的灰原！那么，他跟踪灰原他们的目的究竟是什么呢？
2 有希子告诉柯南灰原喜欢他，因为灰原“一直盯着新一的脸看”，而“女孩子盯着男生的脸一直看的原因不是因为男生脸上有脏东西就是因为喜欢他”。结果晚上睡觉的时候柯南一脸严肃的问灰原哀：“有件事……想问你一下……”灰原哀的表情一下子也郑重起来，然后柯南说了句让大家吐血不止的话：“我脸上有脏东西吗？”接着灰原哀的表情一下子也变得极其搞笑……
评价：1 主线情节逐渐趋于紧张，变得越来越扣人心弦，意味着一个高潮即将到来
2 柯南和灰原哀真是一对旷世难见的活宝啊……向对方把话挑明就真的有那么困难吗？
第338－339集 4辆保时捷
主线情节：故事中的事件与主线无关。但在这集中，我们的灰原的身份终于暴露了！故事的结尾，整集故事都没有露面过的Vermouth冷笑着用打火机烧掉了Sherry(灰原）的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”
看点：1山雨欲来风满楼啊！赤井、新出、Juddie、Vermouth等重要人物都有登场。赤井为什么要监听新出老师家的电话呢？Vermouth又是怎么突然发现了灰原呢？看来谜团马上就要揭晓了！
2车迷可以大饱眼福了，本集中一下子出现了四辆不同型号的保时捷！而赤井的那辆雪弗莱小卡也是非常的有型，呵呵！
第340－341集 隐藏在厕所里的秘密
主线情节：柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。
看点：1 灰原的母亲浮出水面，原来她也是组织的人。在组织中号称Hell angel（堕落天使）。
2 在灰原的梦中，青山已经给出了Vermouth究竟装扮成了何人的暗示，眼睛没问题的话，一定就可以发现了。
3 Vermouth居然已经在博士家安装了监听设备！看来Vermouth的确已经完全找到了灰原的住所。
4 故事结尾，Vermouth边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。
第343－344集 便利店的阴谋
主线情节：Juddie老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。在告别派对上，小兰无意间在Juddie的卫生间的镜子后面发现了大量自己与柯南的照片，不禁疑云顿生。
第345集 与黑衣组织直面对决－－满月之夜的双重迷案
主线情节：笼罩在柯南和灰原身边的黑暗之光终于开始发出了最终的闪耀。小五郎和柯南同时收到了Vermouth发来的邀请，邀请他们去参加一个满月之夜的化妆派对。重要的是，寄给柯南的邀请状信封上写着“工藤新一收”，而请函上的称呼却是“江户川柯南”！看来柯南就是新一这个秘密也被组织发现了.....
主线情节:Juddie对小哀提出对她进行证人保护制度，而小哀也想答应，但是在这两集的案件中，布美勇敢而且不怕逃避丁精神感动了小哀，小哀在第二天放学时来到了病床上的Juddie面前，拒绝后Juddie也说果然和她想到一样，在小哀离开后，James对着Juddie说小哀很像以前的Juddie。
第361—362集 帝丹高中学校怪谈
主线情节：消失了很长时间的新出老师再次回到了帝丹高中，在事件后新出老师感到Vermouth善良的一面，于是打电话询问Juddie，而juddie也很愤怒的说那只是Vermouth为了更好地扮演新出老师而表现出来的。
第371—372集 沉默的航线
主线情节：这集中犯人的一个电话给了柯南提示，他开始找寻BOSS的地址，开头的四位是0858
第385—386集 斯特拉第瓦里欧斯不协调的和音
主线情节：柯南根据vermouth的按键音发现了BOSS的地址和按键音，这集的犯人在最后告诉了柯南那首歌的名字是：七个孩子。
第394—396集 奇异屋宇的大冒险
主线情节：柯南想出来了BOSS的地址应该是和旋律有关的，而那首歌就是“七个孩子”，他想让高木去调查那个地址，但是小哀劝他不要轻举妄动，因为那样可能会让高木被杀，其实小哀早就知道了那个地址，并告诉柯南这个号码千万不能公布，它就像是潘朵拉的盒子。
第425集 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
主线情节：小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。....
看点：组织三个新的人物出场，FBI再次出动。
491—504红与黑的碰撞
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么，此时，水无怜奈正在医院昏迷，被FBI保护着...
参考资料：http://baike.baidu.com/view/1064982.htm