Michael Scofield，如同一头困兽，面对兄弟Lincoln Burrows即将因谋杀罪被处死刑的困境，他坚信Lincoln是无辜的。为了救赎，他采取了大胆行动，闯入银行进行抢劫，结果与Lincoln一同被关入了Fox River州立监狱。作为一名建筑工程师，他对监狱的内部构造了如指掌，这成为他策划逃脱的基石。
在狱中，Michael结识了年长的犯人改造官Bellick，从他那里学到了生存的智慧。随后，借助狱友Sucre的协助，Michael开始在犯人间建立联盟，包括前匪首John Abruzzi和劫机犯Charles Westmoreland。监狱外，他的盟友是辩护律师Veronica Donovan，不仅是Lincoln的前女友，也是他逃狱计划的重要支持者。
在第一季的尾声，主角们成功逃出狐狸河监狱，然而，他们的故事并未就此终结。在第二季中，这七个逃犯成为全国警察追捕的焦点，展开了一场逃亡之旅。林肯被卷入政府阴谋，这促使Michael和兄弟深入调查，揭露隐藏的黑暗真相。逃离监狱的五人分散逃窜，命运各异，有的被捕，有的在逃亡过程中遭遇不幸。
越狱第一季的最后一幕温特沃斯·米勒饰演的迈克尔·斯科菲尔德与几名狱友历漫长的令人喘不过气脱狱，逃出例如狐狸河监狱的封锁。但是故事并没有完结……在第二季中，七个逃出生天的一级重犯成为全国警力追捕的对象并展开新一轮的亡命旅途，在逃亡过程中他们面临着种种情况，于是故事接着发展。而且因为林肯被陷害与一宗政府阴谋有关，所以从第二季一开始，迈克尔·斯科菲尔德兄弟俩着重进行调查，希望能揭开阴谋背后的黑暗真相。而成功逃离监狱的5名狱友分别在美国中部逃窜，其中会有重新被捕的，也会有死于逃窜途中的。