昆山市第三人民医院的历史可以追溯到1960年3月，由城北公社卫生院成立，最初由马鞍山公社医院分建。最初的设施简陋，仅有11名工作人员，位于玉山镇东门外大街县农机排灌站。同年11月，医院迁至玉山镇柴王弄的军营，12月底再次回到175号（原东门盐公堂）。
1962年，随着城北和新镇公社的分建，医院承担了两个公社的医疗、预防和血防工作，设置了大渔、红星等五个门诊部。医院的业务以门诊常见病治疗为主，重点是防治血吸虫病。1966年，县卫生局通过调配人员，引入专业技术人员，提升了医院的医疗水平。
1969年，随着新镇卫生院的建立，医院部分人员被调派过去，医院经历了一段“名存实亡”的时期。直到1969年底，随着更多医疗人员的下放和回归，医院逐渐恢复了正常工作。1974年，医院成立精神科并开始扩展设施，1976年在政府支持下，医院在东门外新建门诊楼和病房。
1979年，彭冲等中央领导来院检查指导血防工作，医院在防治血吸虫病方面取得显著成果。1981年，医院在城北力量村重建新院，1982年正式更名为“昆山县精神病医院”，并与城北卫生院合并管理。1984年，医院被评定为全民所有制单位，并被评为“文明医院”。
1990年代，医院进一步发展，新增病房楼、精神病房大楼，并在1995年被评定为“一级甲等”卫生院和“二级乙等专科医院”。2004年，新病房大楼奠基，2006年启用，医院规模和设施显著提升，成为集教育、科研和医疗服务于一体的现代化综合性医院。
昆山市第三人民医院地处昆山市区，是城区北部的诊疗中心，现为苏州大学和江苏职工医科大学的教学医院。目前有职工364人，其中市级学科带头人3名，中高级职称74人。医院占地面积27亩（18009M2），建筑面积29000M2。医院设有内科、外科、妇产科、血液肿瘤科、骨科、小儿科、精神科、心理科、ICU、急诊科、微创外科、脑外科、中医科、皮肤科、口腔科、耳鼻咽喉科、眼科、肾病内分泌科等二十多个临床科室及完整的医技科室。