主要表现在三个方面。
1.明显削弱了中国内资企业的自主创新能力
改革开放以来，我国大力吸收和利用外商直接投资，对我国某些内资企业提升自主创新能力具有积极作用。其主要表现是：在外资进入、外企林立、国际竞争和国内竞争融为一体且显著加强的态势下，海尔、华为、奇瑞等一批内资企业“奋袂而起”，自主创新，打造出一批具有自主知识产权并在国内外市场占有一定份额的名牌产品。换言之，外商直接投资对我国某些内资企业自主创新能力产生的积极作用，是通过加剧竞争和这些内资企业正确有效地应对来间接地实现的。另一方面，在大规模吸收和利用外商直接投资的同时，我国许多内资企业的自主创新能力则明显削弱。
外商直接投资与我国内资企业增强自主创新能力具有利益上的矛盾。外商直接投资的根本目的是获取长期稳定的高额利润。为此，外商要最大限度地垄断技术和市场，打败竞争对手；而绝不是要培植竞争对手，增强我国内资企业的自主创新能力，陷自身于不利或败北的境地。外商直接投资主要通过三条途径削弱我国内资企业的自主创新能力。第一，在技术、质量、规模相差悬殊的情况下，绕过关税壁垒，在我国就地生产，低价竞销，打垮内资企业。柯达公司在较短时间内占领了我国大部分彩色胶卷市场，即是一个佐证。第二，遏制合资企业开发新产品或新技术。在中外合资企业，由于引进并采用外方的产品技术，只有生产许可权而没有产品设计确认权，因而无需也不能对外方的产品技术进行任何修改和创新。我国不少国有企业在与外商合资的过程中，原有的研发机构被分拆，技术力量大量流失。据对120家中外合资企业的调查，设立研发机构的企业仅占51%.①第三，外商直接投资企业特别是外商独资或外商控股企业，以较为优厚的薪水和待遇“挖走”了我国许多优秀人才，直接为外商直接投资企业特别是为大型跨国公司服务。有关统计表明，我国最优秀人才的40%、优秀人才中的45.7%都流向了外商直接投资企业或大型跨国公司在华设立的研发机构，从而导致内资企业和国内相关单位自主研发力量的巨大损失。②
我国政府和有关研究机构提供的某些重要经济数据也表明，近年来我国企业特别是内资企业自主创新能力总体来看明显削弱：（1）我国大中型工业企业中，拥有研发机构的企业所占的相对比重逐渐下降。这一比重2000年为28.5%，2002年为25.3%，2004年则降至23.4%.③（2）我国大中型企业的研究开发经费只占销售收入的0.39%，即使是高新技术企业的研究开发经费也只占销售收入的0.6%，这个比例尚不足发达国家的1/10.④根据国际经验，企业研究开发经费占销售收入的比例应达到3%以上，低于3%意味着该企业没有竞争力，低于2%则意味着该企业将被淘汰；而高技术企业研究开发经费占销售收入的比例则应达到10%以上。⑤（3）我国大中型工业企业技术引进经费支出与消化吸收经费支出的比例严重“倒挂”。我国这一比例2000年为1：0.074，2002年为1：0.069，2003年为1：0.067.⑥而日本和韩国在工业化成长时期，这一比例则为1：5～1：8.日本和韩国许多企业高度重视并以数倍的投入对引进技术进行消化吸收和创新，而我国许多企业则恰恰相反。日本和韩国许多企业走的是引进——创新之路，而我国许多企业则陷入了引进——落后——再引进——再落后的怪圈。（4）在高技术产业专利申请方面，外商直接投资企业所占的比重已超过国有企业。1995年，国有企业高技术产业专利申请为475件，外商直接投资企业为50件，分别占全国高技术产业专利申请总数的77.6%和8.29%；到2001年，国有企业高技术产业专利申请为575件，外商直接投资企业为795件，分别占全国高技术产业专利申请总数的17%和23.5%⑦。（5）我国对外技术依存度高达50%以上，产业发展的主导技术基本上依靠国外。据统计，我国大中型工业企业技术引进经费支出与购买国内技术费用支出的比例，2000年为1：0.108，2002年为1：0.115，2003年为1：0.134，2004年为1：0.190.⑧我国制造光纤、集成电路、石油化工、轿车、数控机床的装备，依赖进口的比率分别达到100%、85%、80%、70%和70%.当然，我国内资企业自主创新能力总体上明显削弱，也是多因一果。除了受外商直接投资的负面影响之外，我国较长时期在科技与企业发展战略、科技投入以及相关体制、机制等方面存在的诸多问题和缺陷，也是造成这种状况的重要原因。
2.对中国民族经济形成强烈冲击
外商直接投资长时期大规模地进入我国，必然加剧外资经济与我国民族经济的激烈竞争和反复较量。外商直接投资凭借其资金、技术、管理、品牌、规模等垄断优势，通过“绿地投资”和并购我国内资企业，控制了我国的某些行业和市场，大量“消灭”我国民族品牌产品，通过合法或不正当手段吞食我国内资企业特别是国有资产，已经对我国民族经济发展产生了显著的负面影响。
（1）控制了我国某些行业和市场。经过20多年的迅速扩张，外资直接投资企业在我国某些行业和市场中已占绝对优势。其中，有两个特点值得高度关注。一是外商在我国幼稚产业抢先建立大企业。例如，在电子与通信设备制造业中的移动通讯、光通讯、卫星通讯等产品的生产和销售上，外商直接投资企业已占到90%以上的份额。二是外商在我国某些盈利率高、市场前景广阔的支柱产业和战略产业实行垄断。以汽车业为例，世界著名跨国公司都已抢滩我国，通过与我国汽车行业“领头羊”合资或对之进行并购等方式，基本上控制了我国的汽车市场。目前，9家外商直接投资汽车企业在我国轿车市场所占的份额已高达95%.再如高新技术产业。目前，外商投资企业高新技术产品出口额占我国高新技术产品出口总额的比重逼近90%.可见，我国高新技术产业目前已基本上被外商直接投资企业所掌控。
（2）大量民族品牌产品相继被挤出市场。外商利用其种种垄断优势，加之在我国实行本土化生产的劳动力低成本优势，与我国内资企业进行激烈竞争，迫使我国大量民族品牌逐渐退出市场。外商在这方面主要采用三种方式：一是竞争式淘汰。外商凭借其品牌产品的质量和服务优势，将我国一些民族品牌产品淘汰出局。二是“冷冻”式淘汰。外商在与中方企业合资时收购了中方原有的名牌商标，但并不使用，蓄意“冷冻”。合资企业的产品只使用外方的商标。最后，导致中方原有的名牌产品在市场上销声匿迹。三是“下滑”式淘汰。外商在与中方企业合资时，要求中方将名牌商标转让给合资企业。然后，利用中方原有的销售渠道主要销售外方商标的产品，少量销售中方商标的产品。一旦外方商标的产品在市场上站稳脚跟，则立即停止生产和销售中方商标的产品。
（3）导致国有资产大量流失。在外商直接投资过程中，通过种种合法或非法、直接或间接的方式，导致我国国有资产大量流失：一是高值低估。外商在与国有企业进行合资或对国有企业进行并购的过程中，由于对国有资产评估很不规范，往往低估国有资产，特别是漏估国有企业原有的品牌、商业信誉等无形资产，从而使国有资产蒙受巨大损失。二是偷税、漏税、逃税、骗税。许多外商直接投资企业都程度不同地存在着偷、漏、逃、骗税问题。特别是不少外商直接投资企业通过在跨国公司内部高价进口、低价出口等转移价格方式，“假亏损、真避税”。据国家税务总局有关人士估计，近年来，外商直接投资企业通过转移价格给我国每年造成的税收损失就超过300亿元。⑨三是某些地方政府的“非理性”馈赠。除中央政府对外商直接投资企业统一规定的税收优惠政策之外，不少省、市的地方政府为了追求招商引资的“政绩”，竟擅自规定了有关土地无偿使用和税收减免等方面的一些“土政策”，从而使国家利益遭受严重损失。此外，在外商与内资企业特别是与国有企业进行合资的过程中，往往是对其精华部分进行合资，而将劣质资产、沉重债务、亏损业务、老弱病残和冗员等统统推给老企业。这样，不仅在增强外商直接投资企业竞争力的同时削弱了内资企业的竞争力，而且也增加了地方政府在财政支出和安排就业等方面的压力。
（4）加剧资源短缺，恶化生态环境。在我国外商直接投资企业中，有一部分是属于高物耗、高能耗、高污染企业。尽管这些企业对我国经济发展具有一定的积极作用，但其给我国资源消耗和环境破坏带来的负面影响不可低估。仅就高污染企业而言，根据1995年第三次全国工业普查提供的有关数据，外商投资于PIIS（指在生产过程中若不加以治理便会直接或间接产生大量污染物的产业）的企业有16998家，投资于MPIIS （指严重污染密集型产业）的企业有7487家，其工业产值分别为4153亿元和1984亿元，就业人数分别为295.5万和118.6万。外商在华设立这些高物耗、高能耗和高污染企业，实际上是将发达国家和新兴工业化国家和地区的某些高物耗、高能耗、高污染产业转移到我国，不仅加剧了我国资源短缺状况，恶化了我国的生态和社会环境，而且也严重危害企业职工和附近居民的身体健康，从而不利于我国经济的可持续发展。
（5）加剧了我国地区经济发展的不平衡。外商在华直接投资的地区分布具有明显的非均衡特征。从表4可以看出，截止2004年，我国东部地区累计批准的外商直接投资项目总和、合同利用外商直接投资总额和实际使用外商直接投资总额分别为全国的82.43%、86.78%和86.25%；中部地区分别为11.04%、7.69%和9.16%；西部地区分别为6.53%、5.53%和4.59%.这种非均衡格局的出现，既与我国在较长时间内实行的由东向西、由沿海到内地的梯度开放战略有关，更与东部地区具有的人才、技术、基础设施、产业聚集和区位等优势有关。尽管我国政府近年来大力实施西部大开发战略，利用优惠政策鼓励外商更多地向中西部特别是向西部地区投资，但却未见明显成效。外商直接投资的区位选择与我国政府的政策导向具有明显的矛盾，不仅加剧了我国地区之间经济发展的不平衡和居民收入差距的扩大，而且也进一步促使西部、中部地区的一些人才和资金向东部地区“倒流”。
3.对中国经济安全和基本经济制度构成较大威胁
近年来，在扩大对外开放的过程中如何维护国家经济安全的问题愈益引起党和政府的高度重视。然而，我国理论界和实际部门对国家经济安全的内涵在认识上并不一致。其中，有两种提法值得重视。一种提法认为，国家经济安全是指一个国家的经济竞争力，抵御国内外各种干扰、威胁、侵袭的能力，以及国家经济得以存在并不断发展的国内、国际环境。⑩另一种提法则认为，国家经济安全是指一个国家在经济发展过程中能够有效地消除和化解潜在风险，抗拒外来冲击，以确保国民经济持续、快速、健康发展，确保国家经济主权不受分割的一种经济状态。（11）吸收上述两种提法的长处，笔者认为，国家经济安全是国家安全的经济基础，具体表现为一个国家具有较强的经济竞争力和及时消除与化解潜在或现实的内部和外来经济风险的能力，国民经济长期保持较快和健康发展的态势。国家经济安全的核心内容是国家的经济主权不受分割，经济自主性得以实现，基本经济利益得到保障。
资料来源：中华人民共和国商务部：《2005‘中国外商投资报告》，第211页。
按照上述对国家经济安全概念的理解，前已述及的外商直接投资导致的负面效应，如我国内资企业自主创新能力总体弱化、许多关键技术和一些重要行业被外国跨国公司所控制、民族品牌大量消失、国有资产大量流失等都已严重影响了我国的经济安全。不仅如此。随着我国金融市场的全面开放，资金雄厚、管理先进、装备精良、竞争力强的外资金融机构的大规模进入将对我国金融安全构成严重威胁。它不仅将增加我国金融调控的难度，而且还将导致我国许多国有和非国有银行面临巨大的生存和发展危机。在我国全面入世之前（即我国加入WTO 后过渡期结束之前）外商直接投资已经给我国经济安全带来了严重影响；当我国全面入世之后，外商直接投资持续地大量增加，无疑使我国经济安全面临更为严峻的挑战。
与此同时，外商直接投资持续地大规模增加，在经济全球化和国际投资自由化趋势的大背景下，也对我国现阶段的基本经济制度提出了尖锐的挑战。我国现行《宪法》规定，我国社会主义初级阶段的基本经济制度是公有制为主体多种所有制经济共同发展。社会主义公有制为主体、国有经济为主导，始终是我国经济体制改革的一条基本原则。然而近些年来，我国公有制的主体地位和国有经济的主导地位在一定程度上均面临着削弱和动摇的危险。
首先，从公有制的主体地位来考察。如果排除国有经济和集体经济拥有的资源性资产，在我国目前的社会总资产（含经营性资产和行政事业性资产）中，公有制经济即国有经济和集体经济的净资产约占2/3，非公有制经济即外资经济、私营经济和个体经济的净资产约占1/3.（12）如果从经营性净资产的角度考察，两者之间的差距会明显缩小，但公有制经济经营性净资产在社会经营性净资产中仍占主体地位。然而必须看到，尽管改革开放以来我国公有资产的绝对量和公有制经济的增加值都在显著增加，但其在社会总资产和社会增加值中的相对比重却在明显下降。对比分析我国工业领域的相关数字，这种情况就会更加清楚（见表5和表6）。
资料来源：根据中华人民共和国统计局编：《中国统计年鉴（2005）》和中华人民共和国国家统计局：《2005年国民经济和社会发展统计公报》提供的相关数据计算整理。
从表5可以看出，1998～2004年，国有及国有控股工业企业资产总额增长了35.61%，而外商直接投资工业企业资产总额却增长了125%，从而两者资产总额的相对比例由1998年的3.51：1缩小为2004年的2.21：1；国有及国有控股工业企业的负债率趋向下降，但仍高于外商直接投资工业企业的负债率。从表6可以看出：（1）2000～2005年，国有及国有控股工业企业增加值虽然有了显著增长，但其在全国规模以上工业企业增加值中的相对比重已由2000年的54.25%降至2005年的39.24%；（2）国有及国有控股工业企业和集体工业企业增加值占全国规模以上工业企业增加值的比重，已由2000年的66.35%降至2005年的43.12%；（3）外商直接投资工业企业和私营工业企业增加值在全国规模以上工业企业增加值中所占的比重，已由2000年的29.2%升至2005年的46.34%，超过了2005年国有及国有控股工业企业和集体工业企业增加值所占的比重（43.12%）；（4）2000～2005年，外商直接投资工业企业增加值明显超过私营工业企业增加值。尽管外商直接投资工业企业并非完全属于外资经济，国有控股工业企业也并非完全属于国有经济，但表5与表6所反映的现状和趋势对我国公有制主体地位的影响是显而易见的。
其次，从国有经济的主导作用角度来考察。国有经济的主导作用，即国有经济控制国民经济命脉，对经济发展起主导作用。党的十五大报告提出：国有经济的主导作用，主要体现在控制力上。一般认为，国有经济的主导作用主要体现在四个方面：（1）国有经济在关系国民经济命脉的重要行业和关键领域占支配地位，支撑、引导和带动整个社会经济的发展，在实现国家宏观调控目标中发挥关键作用；（2）国有经济应保持必要的数量，但更要注重在整体分布上的优化和经济、技术、管理素质等方面质的提高和影响力的扩大；（3）国有经济对国民经济控制力的发挥，既要通过国有独资企业的作用来实现，更应通过大力发展由国家控股或参股的混合所有制形式的企业来实现；（4）国有经济在国民经济中的主导作用，在国家经济发展的不同阶段，在不同的产业和地区，可以有所差别。党的十五届四中全会通过的《关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》进一步提出，国有经济需要控制的行业和领域主要包括：（1）涉及国家安全的行业；（2）自然垄断的行业；（3）提供重要公共产品和服务的行业；（4）支柱产业和高新技术产业中的重要骨干企业。从我国近年来的实际情况来看，国有经济基本上能够发挥对国民经济的主导作用。但是，随着外商直接投资在我国的进一步发展，近年来业已凸显的外商“独资化”、外资“控股化”趋势可能会进一步强化，其并购我国重要行业国有大中型企业的规模也可能会持续扩大。从而，我国国有经济无论在数量、素质、分布和控制力等方面都将面临激烈竞争和严峻挑战。
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