在日本的中古时期，阴阳师中厉害的人号称能用咒语操纵鬼神。皇极元年，日本全国大旱，大臣苏我虾夷为此忙里忙外。皇极天皇下令在各寺转读大乘妙典，悔过会，到寺门礼拜三宝，亲王、诸王、群卿每人度一人，在大斋相会，禁食牛、马、鸡、犬之肉。
晚年时，天武天皇下诏诸国："每家建佛舍，置佛像及经卷，礼拜供养，月之六斋开始。"大概在天武朝，佛寺及僧尼已经有了这样的惯例。修建药师寺后，鸬野赞良皇女病体康复。因此，鸬野赞良皇女度百僧予以供养，之后辅佐天武天皇一心崇佛。
在天武天皇驾崩后，皇后鸬野赞良皇女穿着天皇的服装，缝制袈裟，捐赠三百僧，在殡宫之奠时做精饭。精饭是指不使用鱼肉的饭食。这是丧事素食之始。鸬野赞良皇女在大官、飞鸟、川原、小垦田、丰浦、坂田等处开设无遮会。这些都是飞鸟宫附近的大寺。
飞鸟寺就是元兴寺，又称净土寺。川原寺在齐明天皇的河边宫。在天武天皇弥留之际，亲王以下诸臣都来到这个寺，为天武天皇康复而祈祷。小垦田的丰浦寺本来是苏我稻目建的向原道场，在推古天皇时成为官立的寺院。坂田寺是最初司马达等修建的弘扬佛法的寺。
此外，在天武天皇驾崩后，朝廷也赐给桧隈寺、大洼寺、轻寺、巨势寺封户。虽然在飞鸟京附近已经有很多大大小小的佛寺，但在持统天皇朝，朝廷进一步弘扬佛教，布施安居的沙门，将《金光明经》百部送给诸国，一直将佛教传播到大隅阿多，将陆奥的城养虾夷脂利古男麻吕及铁折请来作沙门，赐给越虾夷沙门道信佛像。
相宗传入日本文武天皇二年，文武天皇任命僧人惠施为僧正，任命智渊为少僧都，任命善往为律师。这些职务应该是僧尼的统领、大政的顾问。起初，天武天皇的僧正智通在齐明朝时入唐，跟玄奘学习法相宗后回国。智通在日本弘扬法相宗。
唐僧道荣数次祈雨应验，作梵歌。在天武朝，道荣尚健在。之后，僧人义渊入唐，跟随智周得到法相秘诀，回国后大加传扬法相宗。文武天皇二年十二月，文武天皇褒奖义渊学行，特赐予稻一万束。大宝三年，文武天皇任命义渊为僧正。这样一来，法相宗得到大力弘扬。
僧人道昭是河内国丹比郡人船连惠尺的儿子。白雉四年，成为僧人后的道昭随遣唐使到长安，也跟玄奘学习法相宗。玄奘非常赏识道昭，对道昭说："我以前前往西域时，半路饥饿，没有村庄要吃的，忽然有一沙门将手中的梨递给我，我吃完之后气力日增。
汝是彼持梨之沙门。"玄奘还教诲说，"经论的宗旨深妙，不可能完全穷尽其意，学禅并在东土日本弘扬吧。"于是，道昭学习禅定，起初领悟稍多。待道昭回国时，玄奘取出舍利、经论，嘱咐"善加弘扬"后授给道昭。道昭拜谢啼泣而别。回国后，道昭在元兴寺之隅建禅院而居。
此后学禅者颇多。后来，道昭周游天下在路旁凿井，在各港口备船架桥，为人们提供很多便利。道昭周游十二余年。在持统天皇下诏召见道昭后，道昭回到元兴寺，住在原来的禅院。文武天皇四年三月，道昭七十二岁圆寂。文武天皇遣中使吊唁，根据道昭遗命将道昭火葬于栗原。
火葬始于此时。两年后的大宝二年，持统太上皇驾崩。根据持统太上皇遗诏，大宝三年，文武天皇将持统太上皇火葬于飞鸟岗，在这以后，火葬成为惯例。据《日本书纪》记载，道昭修建宇治桥实际上是道登之误。《桥石铭》记载道："世有释子名曰道登，出自山尻惠满之家，大化二年丙午之岁，构立此桥，济度人畜。"
据说，宇治桥的桥石尚存于宇治常光寺。据《日本灵异记》记载："高丽学生道登是元兴寺的沙门，出自山背惠满之家。大化二年丙午建宇治桥。往来之时奈良山溪有骷髅，见为人畜所踏，哀之。道登让从者万侣将骷髅置于树上。其年十二月三十日，有人来寺门，遇见万侣，说虽蒙大德慈顾，如果不是今夜无从报恩。
那人陪着万侣到那人家。进入屋里，那人多设饮食共食。到后夜，万侣突闻男声：'杀我的兄长要来，速去。'万侣感觉奇怪发问，那人说：'吾曾与我兄长一起去交易，我得银四十片，我兄长嫉妒，杀我取银。往来人畜踏我头，大德垂慈让我脱离苦难，今宵报答。'
这时，那人的母亲和长子共拜诸灵。万侣进来了。他们大吃一惊，问万侣来的缘故。万侣详细说了前事。母亲骂长子：'呜呼，汝杀吾爱子，并无他贼。'又设饮食招待万侣。万侣回来将这一情况告诉师傅。师傅说死灵的白骨尚且如此，更何况活人，岂能忘恩。"这本来属于灵异记。
《日本灵异记》是弘仁年中由奈良沙门景戒编纂而成，是作为道登的轶事而记载的。玄奘去天竺，接受法相宗。法相宗又称唯识宗。玄奘回国后才开始弘扬法相宗。道昭为了亲受此法入唐。接着智通、智凤等弘扬法相宗。禅宗虽然是道昭兼修之业，也从此时开始。
起初，圣德太子注疏的《维摩经》是法相宗经卷之一。中臣镰足谋划诛杀苏我氏时，许愿要造丈六释迦像，将丈六释迦像安置在山科陶原精舍，并开启了维摩会。大概因为佛教宏深无涯，正如玄奘所说，笃志者自然倾心于此。庆云五年，藤原不比等在陶原精舍聘请僧人智凤为讲师，让智凤在此主持十七天的维摩会。
不久，朝廷迁都奈良，将陶原精舍迁走，修建兴福寺。兴福寺终于成为法相宗的大伽蓝。方术和佛教在日本，除了佛教外，支配宗教思想的还有方术。方术十分繁杂。日本敬神崇佛，信奉神儒佛三道。儒学中有易、阴阳、纬候。此外还有道教的方术。
究其源头，方术中也混杂了印度的思想。佛僧以方便为本，将方术等思想悉数接受，教化民众。在世俗社会，有很多与方术有关的修行、修炼方法和禁忌。阴阳道的起源没有明文记载。在钦明朝，易巫传入日本。在推古朝，观勒将遁甲方术传入日本。
中国自古以来敬重神仙。神仙与西洋神圣相同。"仙"如其字义，是指住在山中修道的通神的方士。在日本，早在佛法传播之初就有仙人，或称圣人。人们往往可以在深山中发现仙人修炼的遗址。在很多情况下，方士兼讲佛法。往年我登上丰前国郡邪马溪罗汉寺，发现寺院依天然石窟而建。
早在齐明天皇时期，仙人住在这里修道。作为仙人修道的遗址，当地留有一个铜佛，大小八寸左右。从其做工来看，应该是西藏或印度的古物。可以想象，头部与之类似的仙人很多，其遗址仍然有很多。在藤原朝时期，最著名的仙人是役行者。
在仙人中，役行者是最通神的，被称为修验道之祖。行者是指修行者，也就是进深山修行的人。 役行者文武三年，朝廷将役行者流放到伊豆。役行者住在葛木山，以咒术而著称。起初，外从五位下韩国广足拜役行者为师。后来韩国广足嫉贤妒能，诬告役行者以妖术惑众。
朝廷将役行者流放。世上相传役行者善驱使鬼神，让鬼神挑水砍柴。如果鬼神不听役行者的命令的话，役行者就用咒语来绑缚他们。据《续日本纪》记载，役行者被显宗、密宗两派的修验道尊称祖师。可见役行者地位很高。在当时信徒心目中，役行者的灵异行迹颇多。
据《古传灵异记》记载："役优婆塞是贺茂役公室氏，高贺茂朝臣之家，大和国葛木上郡茅原村人，博学多才，仰信三宝，以此为业。"在俗人信仰佛法者中，男的称优婆塞，女的称优婆夷。接着《古传灵异记》又写道："役行者吸收养生之气，年卅有余，转而居住岩窟，披葛食松，沐浴清泉之水，洗濯俗界之垢，修行孔雀咒法，证实奇异之验术，驱使鬼神可得自在。"
也就是说，役行者修行的是从周末到汉初在中国所称道的仙术，并且役行者还研究印度孔雀王咒法，以此驱使鬼神，可以逍遥自在。大体而言，在日本的中古时期，说起仙人，人们想象仙人们住在山中，飞行自在，神出鬼没。阴阳师中厉害的人号称能用咒语操纵鬼神。