济南二中更好一些。
一、办学历史差异
1、济南二中：创建于1922年，学校地址为济南市小清河北路9211号，山东省省级规范化学校，省级文明单位，山东省师德建设先进单位，山东省电化教育示范学校。
2、济南三中：山东省济南第三中学始建于1948年10月，由济南四临中、济南五临中和省立禹城中学合并而成，校址是杆石桥原省立一中、省立济南高中。
3、济南高新实验：济南高新区实验中学始建于1960年，学校位于济南市高新区东部新城孙村街道办事处，现占地180亩，总建筑面积33486平方米， 是一所有着五十年光荣历史的高中学校。
二、师资力量差异
1、济南二中：学校有教职工202人，其中特级教师2名，高级教师54名，中级教师65名。二中教师德艺双馨。学校拥有以“全国师德标兵先进个人”、“山东省优秀教师”孙传胜、山东省特级教师杨正、山东省教学能手张晨生、山东省优秀教师杨长明等为代表的一大批德才兼备的教师。
2、济南三中：学校在职教职工362人，其中具研究生学历的85人，高级教师93人，出国进修的有7人。有一批国家、省市级先进人物，如全国模范教师朱地，省优秀教师、省“富民兴鲁”劳动奖章获得者苗媛，全国女职工建功立业标兵、省优秀教师、省教学能手、济南市十佳教师李卫红等。
3、济南高新实验：有教职工570余人，其中有享受国务院津贴专家2人，有突出贡献的中青年专家2人，特级教师16人，全国优秀教师2人，教育创新人物3人。
三、基础设施差异
1、济南二中：学术报告厅、多媒体教室、多功能会议室、语音室、学术报告厅、化学实验室、学生网络机房、物理实验室、生物实验室、开放式生物实验室、多功能会议室、教师电子备课室、办公楼大厅。
2、济南三中：学校占地200余亩，有南北两个校区，南校区位于济南市市中区党家镇，北校区位于济南市市区。建有现代化、高标准的教学办公楼、实验楼、图书楼、学生公寓、学生餐厅、体育馆、标准田径场。有76个教学班，3000余名学生。
3、济南高新实验：现占地180亩，总建筑面积33486平方米， 是一所有着五十年光荣历史的高中学校。学校办学理念先进，教学设施一流，环境优美，是一所远近闻名的花园式学校；学校大力实施素质教育，促进学生全面发展、和谐发展；学校教育教学质量逐年提高，高考本科上线人数每年保持在200人以上。
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以上内容参考百度百科——济南高新区实验中学