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住院社保报销后农村医保不能报销，只能选择一种报销。
社保住院报销：
住院
1、报销范围：参保人员在个人选择的医疗保险定点医院或专科医院，中医医院和A类医院发生的住院费用。
2、住院起付线：一个自然年度内首次住院起付标准为1300元，以后每次650元。
3、报销比例：一级医院90%，二级医院87%，三级医院85%，住院累计报销30万元。
4、经办流程：就医时请使用《医疗保险手册》，如单位足额交费，个人只需交纳部分住院预付金，即可办理住院手续，发生的医疗费用要符合医疗保险的范围，出院时医院与个人结算清自费部分金额，统筹基金报销金额由医院与区医保中心结算。
新型农村合作医疗报销范围为：
参加人员在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合城镇职工医疗保险报销范围的部分(即有效医药费用)。
新型农村合作医疗基金支付设立起付标准和最高支付限额。医院年起付标准以下的住院费用由个人自付。同一统筹期内达到起付标准的，住院两次及两次以上所产生的住院费用可累计报销。超过起付标准的住院费用实行分段计算，累加报销，每人每年累计报销有最高限额。
新农合住院补偿：
报销范围：
A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额200元;手术费(参照国家标准，超过1000元的按1000元报销)。
B、60周岁以上老人在卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
报销比例：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
大病补偿：
镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
新型农村合作医疗基金报销支付特殊病种有：恶性肿瘤化疗、放疗;重症尿毒症的血透和腹透;组织或器官移植后的抗排异反应治疗;精神分裂症伴精神衰退;系统性红斑狼疮(有心、肺、肾、肝及神经系统并发症之一者);再生障碍性贫血;心脏手术后抗凝治疗。其余可报销的特殊病种，以当地具体政策为准。
特殊病种的特定门诊治疗包括治疗期间必须的支持疗法和全身、局部反应对症处理，一般辅助治疗不列入报销范围。