新型农村合作医疗制度是在政府不断努力解决“三农”问题、构建和谐社会背景下出台的一项重大惠农政策。重点是帮助农民减轻因患重大疾病而带来的经济负担，政策目标是减少农村居民“因病致贫”和“因病返贫”现象。自2003年新型农村合作医疗制度试点推开以来，首批启动的试点县（市、区）有304个，2004年增加到333个。至2005年6月底，全国已有641个县（市、区）开展了试点工作，1．63亿农民参加了合作医疗。
近期，中央决策层进一步显露出加速推开对这项试点政策的果敢决心。2005年9月召开的“全国新型农村合作医疗试点工作会议”决定：2006年将试点的县?市、区?由目前占全国的21％扩大到40％左右，到2008年建立基本覆盖全国农村居民的新型农村合作医疗制度，比原定目标2010年提前两年。中央财政对参加合作医疗农民的补助标准在原有每人每年10元的基础上再增加10元，提高到20元，同时将中西部地区农业人口占多数的市辖区和东部地区部分参加试点的困难县?市?纳入中央财政补助范围。
建立农村新型合作医疗制度是一项旨在促进社会公平、协调发展的战略性政策，对于缩小城乡差距、扭转不平衡的社会发展结构、构建和谐社会和实现五个统筹发展具有深远的意义。但是，这项惠及七亿六千万农村人口的政策，仍存在一些制度设计上的缺陷和面临许多挑战，如果不注意到这些问题以及存在的某些负面激励，将可能降低这项制度的保障效力或者导致政策目标的偏离，影响新型农村合作医疗制度的健康运行和可持续发展。
一、以大病为主的医疗补偿政策值得再推敲
新型合作医疗立足于基于大数概率的大病保险，政策方向以大病为主，即政府补助的人均20元和农民自缴的人均10元，都“主要补助大额医疗费用或住院费用”。
首先，以大病为主的保障容易诱发逆向选择，不利于建立稳定的筹资机制。由于重大疾病和住院医疗服务发生机率较小，会降低参保者的预期收益，健康人常常低估参保的重要性，而高危人群却非常愿意参加。这种逆向选择，即“选择性加入”和“选择性退出”可能威胁新型农村合作医疗筹资的可持续性。在运行一年后，相当一部分县乡出现一个很奇怪的现象，即前一年参加新农合并获得大病报销补助的农民，往往这时候选择不再加入，这是因为农民往往抱有某种心理预期：“自己不会那么倒霉，第一年得大病，第二年还连续接着生大病”。
其次，现行筹资水平难以为农村居民提供有效的医疗保障。2003年农村人均医疗保健支出为115元，但合作医疗的筹资总水平才人均30元，用每人每年30元的合作医疗基金还远远不能解决农村居民因病致贫、因病返贫的问题，保障不足最终可能会使合作医疗成为鸡肋。即使是针对大病救助，在目前的安排下，共付部分仍然很高（共付比例在多数地区达到30～50％），这就限制了这种保险对贫困家庭的用处，因为在很多情况下他们仍然无力支付看病共付的费用。
再次，保障目标定位为保大病，事实上放弃了对大多数人基本医疗需求的保障责任，也不可能获得良好的投入绩效。在农村的现实生活中，真正影响农村居民整体健康水平的是常见病和多发病。许多农村居民的大病也是因为“小病无钱治而扛成大病”的。从卫生投入绩效看，对大病的干预所获得的健康效果远不如对常见病和多发病的及时干预。此外，大病为主的保障方式导致“小病大医”的道德风险。有调查发现（汤胜蓝，2005），在甘肃某试点县，就出现了不少本可以不住院的病人进行了住院接受治疗。
二、筹资困难和运行管理费用过高
首先，合作医疗筹资困难、筹资成本高。
每年的新农合筹资都需要“合管办”的工作人员挨家挨户的筹资，筹资成本相当高。基层卫生干部在合作医疗发动之初，为了达到上级规定的参合率，费尽了周折，在一些试点地区，合作医疗参合率达标甚至是一个一个谈出来的。同时由于历史上存在的以“合作”为名义的种种不合理收费等原因，造成部分农民对乡镇干部上门做工作持逆反心理，加上一些乡镇干部本身素质不高，导致筹资困难程度增加。这种现状直接制约着农村合作医疗的较快推广铺开。
其次，合作医疗管理成本高，相关费用开支难以有效落实。
新型农村合作医疗制度缺乏组织能力和管理成本上的分析。以县为单位集中审核、报销费用，表面看来，统筹层次已经很低了。但实际情况却是，绝大部分县都有数十万甚至上百万的人口，且农村居民居住相当分散。合作医疗经办机构面对千家万户，健康状况差异很大且记录有限，县政府在组织管理能力上凸显窘迫，管理成本之高难以负荷。
新型农村合作医疗由政府作为组织者，试点县各级政府都要成立一套相应的管理机构，县里设立农村合作医疗管理局（通常是挂靠于县卫生局的事业单位），各乡（镇）成立农村合作医疗办公室，人员和办公经费都列入财政预算。这对于财政状况本身就很拮据的县乡政府和较低的合作医疗筹资水平来说，是一笔不小的支出。而且这些都只是直接的制度成本。此外，县级财政不仅要安排配套支出，而且还要承担数额相当大的宣传组织费用和运转管理费用。许多县级政府迫于无法安排这部分经费，将部分费用转嫁给卫生机构，包括县医院、乡镇卫生院和村级诊所，而这些机构最终又会把这部分费用在经营中转嫁给患者。
三、逆向补助和累退性负担较明显
首先，“人头税”的缴费形式显失公平，累退性负担较明显。
也许是出于管理简便的考虑，目前新型农村合作医疗制度采取了人均负担10元的基本缴费形式，但这实际上是一种“人头税”的缴费形式，没用考虑到农村居民个人和家庭缴费能力的差异，这显然会造成贫困家庭的缴费负担较重。与此相比，城镇职工医疗保障制度下的个人的缴费率为本人工资的2％，单位按职工工资总额的6％缴纳，还一定程度上考虑了公平负担的问题。
同时，由于新农合实行政府补贴与自愿参加相结合，同时实行医疗费用报销制，而且设立了较高的自付率，这就在客观上造成了一个费用门槛，贫困家庭依然因无力垫付大病的全额医疗费用而放弃求医。这种状况不仅导致这部分人口无法受益，而且还会导致逆向转移支付。因为富人相对更有能力交费，也就更有可能享受政府提供的补贴以及相应的医疗保障。这样客观上形成了富人既富又有保障，穷人越穷越没有保障。加剧了农村医疗卫生领域的不平等，违背了社会保障制度应当对贫困者转移支付和缓解社会不平等的基本原则。另外，自愿参加的制度必然形成体制内和体制外的群体区分，难以有效避免体制外人员对体制内资源的侵蚀问题。
其次，还存在累退性的地区补助问题。
新型合作医疗制度采取个人缴纳、集体扶持与政府资助相结合的筹资原则，决定了入保者越多，国家财政补贴就越多，合作医疗基金就越雄厚。较富裕的县市，地方政府和农村居民缴费能力较强，开展新型农村合作医疗也就相对较容易，也就在一些地区，甚至出现了以套取中央补助资金为目的的快速推开铺面现象。各省市在启动农村合作医疗试点的时候，为了产生示范带动效应，基本上都是拿出当地经济发展好、财政实力较强的县作为试点地区，这就使得相对富裕的地区先一步和多享受到上级政府的资助，产生明显的补助累退效应。
对于地方政府来说，推行新型农村合作医疗的时运不佳。因为中国正在取消几项农业税，这就意味着乡、县的财政收入的进一步减少。虽然中央对地方的补偿性的转移支付在某种程度上减弱了地方税收减少的负面影响，但基层财力困难的问题仍然十分突出。在经济欠发达地区，乡镇企业不发达，加上农业税的取消，乡村两级全靠国家转移支付来维持工作运转，乡村两级负债累累，导致对合作医疗的投入严重不足，财政投入启动资金缺乏，农民参保率低，基金规模小，制度覆盖率低。
四、自愿参保机制难以避免逆向选择的难题
在改革开放以前的合作医疗制度中，虽然规定农民也是自愿参加，但鉴于当时强大的行政动员力量和以人民公社为基础的体制，事实上具有强制性，因此大多数农民都得到了保障；在80年代中后期以来恢复和重建合作医疗制度的努力中，仍然规定农民可以自愿参加，但是自愿参加意向特别低，最终导致重建努力的失败。在当前行政强制力弱化的条件下，农民有了较大的选择权，导致低风险人群参保积极性很低。
由于新型农村合作医疗计划仅覆盖不到20％的家庭平均卫生费用，许多农户可能会觉得这个计划对于减少医疗支出的风险起不到什么作用，他们对新农合的支持就会减少，其结果是要么不参加，要么退保。如果低风险保户（年轻和健康的人）首先退保，这是非常可能的，那么合作医疗计划就将开始亏损，接下来就可能需要提高筹资标准。这会进一步促使低风险保户退保，这样保险计划开始逐步萎缩，最终瓦解，这就是所谓的逆向选择。
由于存在逆向选择问题，即健康人群选择不参保，自愿性保险制度几乎都难以持久。国际的经验表明逆向选择会迅速破坏并最终导致一个建立在完全自愿基础上的保险计划的解体。在任何人群中都有高风险保户和低风险保户，如果保险建立在自愿加入基础上，低风险保户会宁肯自己给自己保险。因此，工业化国家的基本医疗保险制度一般都是强制性参保，采取社会保险的方式。
五、定点卫生机构可能成为最大的赢家，农民并未能切实得到实惠
首先，卫生机构利用新型合作医疗政策创收，可能引发新一轮重治轻防。越是制度改革领先的卫生机构，往往越容易在大病为主的政策倾斜中占据优势地位，获取经济利益。卫生机构的注意力被引向以医疗为中心，这极易导致不顾实际需求盲目增加设备和设施、提高治疗标准的竞争，而忽视切实改善服务和预防保健。
其次，资金向公办卫生机构转移支付，可能保护落后，带来低效率。由于新型合作医疗的费用报销基本只限公立卫生系统，这不但消除了公立卫生系统与私人系统的竞争，而且也部分地解除了未经改革的卫生机构的市场压力。只要是公立卫生机构，服务差、价格高也可借新型合作医疗政策得到一部分市场份额。特别是乡卫生院，以往在市场竞争中处于劣势，由于新政策的倾斜便起死回生。
再次，定点医院选择机制的僵化可能带来很多新的问题。特别是在居住分散的农村地区，这可能意味着患者不得不花费更大的费用、走更远的路去看病，也可能意味着新型农村合作医疗给家庭带来的只是从到私人医生那儿看病转为到公立机构的医生那儿看病，而实际上并没有增加患者就医的次数。
六、新型合作医疗对费用的合理控制仍是一个难题
对于新型农村合作医疗政策和制度是另一大挑战是费用的合理控制问题，即基金的稳定、持续发展问题。与城镇医疗保障制度一样，新型农村合作医疗制度设计，缺乏农村医疗服务体系改革和费用支付方式改革的同步支撑，以至于不得不突出对患者的约束。制度设计中引入了城镇职工医疗保险制度的起付线、封顶线、较高的共付比例以及分段按比例报销等做法。这些做法对于维持资金平衡是有益的，但对患者过分严格的约束，特别是过高的患者自付比例必然导致参保积极性的下降。
目前的合作医疗尚缺乏对供方行为的有效制度约束。在许多地区，新型农村合作医疗计划与公费和劳保医疗保险的运作模式相同或类似，即它们都是被动地报销保户的医疗账单。这种运作模式容易引发医疗供方甚至患者的道德风险，最终很可能导致医疗支出急剧增长。有调查发现，一些定点医疗机构不合理用药、不合理治疗检查问题比较突出，次均住院费用和门诊费用上涨较快；处方药物和检查项目超出基本药物目录和规定检查的项目过多，不少费用不在报销之列，既增加了农民的费用负担，也加大了合作医疗基金支出。有农村居民反映，合作医疗买的药贵，虽可报销一部分，但是自己承担的部分并没有切实减少，与在别处买药没有什么差别。在有的地方，合作医疗实行后，医疗费用呈现普遍上涨的趋势，农村患者可报销的部分被上涨的医疗费用抵消了。通过合作医疗来减轻农民医疗负担的目标就很难实现。
七、医疗保险没有照顾到日愈壮大的流动人口
当前我国每年都有一亿左右的农村流动人口，越来越多的农村人口流入城市，这是促进经济增长的重要因素。但是，从农村来到城市的移民正处一个医疗保险的真空地带——由于没有正式户口，他们没有资格参加城市医疗保险，而新型农村合作医疗很可能会要求他们返回原住地去看病，或者如果他们在务工城市看病，那他们就得承担合作医疗只报销部分医疗费用的风险。
如果要充分发挥劳动力转移所带来的经济利益，确保医疗保险能够跟随保户迁移而流动就很重要。从长远的角度来考虑，随着城乡差别的进一步弱化，将中国所有居民纳入一个统一的全民保险体系可能更合理，正如其它国家，如包括菲律宾、泰国和越南，已经实现或正在进行的那样。
总而言之，尽管中国农村的医疗卫生形势依然严峻，政府正在努力为没有保险的近八亿人口提供医疗保障，并明确提出了政府增加投入的责任，新型农村合作医疗体系的试点是一个大胆的历史性开端。当然，任何一项政策都不可能十全十美，都存在这样那样的缺陷或面临很多挑战。指出问题总是相对容易的，更多的挑战来自于如何解决这些问题，进而不断完善政策，但毕竟这是问题解决的第一步。令人欣慰的是，有大量的经验可以参考，这包括九十年代城市医疗改革的经验、过去旨在复兴农村合作医疗的数次尝试，以及来自国外医疗卫生发展的经验。有理由相信，随着新型农村合作医疗的政策推力和制度不断完善，将推动农村经济社会向更好的方向发展，并促进城乡协调、经济和社会协调发展的和谐社会的形成