蒙古99.7%的土地都无人居住的主要原因是：地理环境恶劣、经济发展困难、政治和社会发展不稳定。
1、地理环境恶劣
蒙古国位于亚洲东部的内陆地区，大部分地区都是高寒荒漠和高山地带。这种地理环境不仅气候恶劣，严寒的冬季和干旱的夏季给人们的生活带来了巨大的困难。缺乏淡水资源和可耕地的蒙古国，使得人们很难在这样的环境中生存和繁衍。
2、经济发展困难
蒙古国的经济主要依靠畜牧业和矿产资源开采。由于地理环境的限制，蒙古国的畜牧业发展较为困难，只能进行传统的放牧方式。而矿产资源的开采又需要大量的资金和技术投入，对于一个经济相对不发达的国家来说，这无疑是一个巨大的挑战。因此，蒙古国的经济发展受限，人们对于迁徙和居住的选择也受到了限制。
3、政治和社会发展不稳定
蒙古国曾经是一个强大的帝国，但在历史上饱受外部侵略和内部动乱的困扰。这使得蒙古国的政治和社会环境相对不稳定，人们对于居住和生活的信心也相对较低。安全问题和社会福利的缺乏，使得人们不愿意在这片土地上长期居住，从而导致了土地无人居住的现象。
蒙古国民族起源
在蒙古人崛起之前，蒙古草原曾被匈奴、鲜卑、柔然、突厥等游牧民族统治，唐朝亦曾在此设立安北都护府。据历史学家考证，蒙古族起源于东胡的分支蒙兀室韦。
约在公元7世纪前，蒙古族先民居住在额尔古纳河一带，后来西迁到了鄂嫩河上游不尔罕山和克鲁伦河一带。到公元12世纪，蒙古族已经散布在今鄂嫩河、克鲁伦河、土拉河等三河的上游和肯特山以东一带，并分衍出乞颜、札答兰、泰赤乌等部落。游牧在草原上的被称作“有毡帐的百姓”，主要从事畜牧业；居住在森林地带的被称作“林木中的百姓”，主要从事渔猎业。
公元11世纪，结成了以塔塔尔为首的联盟。因此，“塔塔尔”或“鞑靼”曾一度成为蒙古草原各部的通称。宋、辽、金时代，把漠北的蒙古部称为黑鞑靼，漠南的蒙古部称为白鞑靼。
公元13世纪初，蒙古统一后，逐渐融合为一个新的民族共同体，“蒙古”也就由原来一个部落的名称变成为民族名称。
以上内容参考：百度百科-蒙古国