循环经济发展专项资金的管理遵循一系列基本原则，以确保资金的有效利用和合理分配。首先，它强调市场与政府的协同效应，尊重市场经济规律，通过政府引导和市场机制的结合，激发全社会参与循环经济发展。
其次，创新财政资金支持方式是关键。专项资金的分配将针对循环经济中的薄弱环节和突出难题，根据不同环节的特性，灵活采取支持策略，以实现有针对性的扶持。
再者，专项资金管理注重资源的集中和重点突破。通过机制创新，专项资金的使用与其它相关资金相衔接，形成财政资金的整体合力，以实现关键领域的突破性进展。
最后，透明度和公正性是基本原则。资金的使用将严格遵循“科学、公开、公正”的原则，接受社会的监督，确保资金使用的公开透明，提升公众的信任度。
2012年7月20日，财政部、国家发展改革委以财建〔2012〕616号印发《循环经济发展专项资金管理暂行办法》。该《办法》分总则、专项资金使用安排原则、专项资金支持范围、专项资金的支持方式、监督管理、附则6章18条，自2012年9月1日施行。