建文帝去了哪里至今没有结论，是历史之谜。
建文四年六月，朱棣攻入南京，朱允炆于靖难之役后下落不明。建文帝在靖康之役之后的下落一直是个谜，到现在都无法解开。
明史记载，宫中火起，建文帝不知道哪里去了，燕王朱棣让人从火中找到了建文帝的尸体。而根据明太宗实录中记载，建文帝看到燕军攻入，就将皇宫点着了，燕王朱棣看到宫中火起，就派人去救火。可惜来不及，就让人把建文帝的尸体从火中找出来了，然后哭着说：允文，你怎么这么傻呀。另根据明史《建文帝本纪》还有《姚广孝传》、《胡濙传》记载，说火里的尸体是马皇后的。
建文帝的评价
朱允炆即位后，崇尚儒家仁政之说，一改朱元璋严政苛刑，“专欲以仁政化民”。改定律例，力纠洪武年间冤案、错案，使其统治期间的囚犯较之洪武年间减少2/3。免除各地拖欠租税，赈灾济民。令官府为民间卖子为奴者赎身。限制僧道占田数量，余田均与平民。建文帝采取的这些措施，缓和了社会矛盾，对社会的安定产生了积极作用，一时政通人和。
在16世纪以后关于这个题材的小说演义中，朱允炆和他的殉难的随从人士都逐渐变成了悲剧式的英雄人物。这些作品都把这位皇帝描写成为一位勤于政事的和仁慈的君主，对他的叔父慷慨大度，并自动地提出把皇位让给了后者。它们还渲染一个故事，说在京师失守之日他逃脱了叛变者的耳目，当了一位高寿的和尚，死后仍然留有后代。