晋祠博物馆和晋祠公园也有主要区别，即晋祠公园是风景区，晋祠博物馆是晋祠公园风景区的主体管理单位，负责对晋祠的管理维护。
晋祠博物馆成立于上世纪五十年代，隶属太原市文物局，是省、市精神文明建设的一个重要“窗口”和阵地。晋祠博物馆是一座集文物保护、学术研究、陈列展览、安全保卫、景区建设、重要接待及社会教育于一体的综合类博物馆。
晋祠博物馆一直致力于文化遗产的保护、研究和宣传。在国家、省、市各级领导和有关部门的大力支持下，近年不断加大投入用于不可移动文物本体的保护、古树名木保护、景区文化遗产环境基础设施建设及馆藏文物库房设施建设。
2009年以来完成了圣母殿主门维修、奉圣寺南厢房屋面修缮、王琼祠改造工程及叔虞祠元代乐伎彩塑、王琼祠武士彩塑修复等工作。完成了低压配电线路改造，共铺设线路6300余米及旧配电室至空调主机房电缆及监控室下水管铺设160平方米。
完成了文物库金库门的配置，文物库全部配备了樟木文物庋藏柜共计64套，钢制樟木内板密集柜架130余列组，文物保护硬件设施全面更新。同时征集入藏了晋祠的民国老照片，为研究晋阳文化及晋祠历史提供了珍贵的依据。