看是怎么样的不在一起，如果是统一管辖单位，这是没有问题的。譬如所在的单位只是设置党支部，其党支部属于街道党委或者经贸委党委管辖。党员档案虽然不在本单位，但属于该单位的上级党委，这样是不影响转正工作正常进行的。
如果党员档案和个人档案不在一起是属于不同管辖单位的，所在单位由于没有党员档案等组织关系，是不会办理党员转正工作的。譬如大学生在校入党，参加工作后，党员档案没有转，还在学校。学校和工作单位不是同一个管辖单位，因此必须先转关系，再由所在单位党支部讨论预备党员转正问题。
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