1895年2月21日，香港兴中会成立后，即积极筹备在广州发动起义，推翻清政府。孙中山驻广州指挥，杨衢云驻香港，负责后勤供应及财政支持。1895年3月，孙中山多次访问日本驻香港领事中川恒次郎，声称拟奉康有为为统领，在两广成立共和国，要求日方提供步枪2万5千枝，手枪5千枝。同月16日，杨衢云、孙中山、谢缵泰等商讨以三千精兵攻占广州的计划。
3月下旬，孙中山、郑士良、陈少白、陆皓东等到广州，在双门底王氏家祠建立机关，假借“农学会”名义活动。镇涛号兵舰管带、原福建马江水师学堂学生程奎光及其水师数百人加入兴中会。
10月16日，孙中山在广州《中西日报》发表由兴中会会员、基督教牧师区凤墀代为起草的《拟创立农学会书》，征集同志。书中，孙中山表示将翻译各国农桑新书，设立学堂，开设博览会，躬操耕作，以此启发农民，振兴农业。广州很多士绅参加发起。
10月10日，兴中会总部在香港集会，选举孙中山为会长，称为伯里玺天德（President），起义后即为合众政府大总统。然而在第二天，杨衢云便要求孙中山将会长一职让给自己。孙中山为了不在起义前夕引起分裂，同意让位。
10月26日晨，各路会党、民团、营勇按原部署埋伏在广州城内，但杨衢云却临时打电报给孙中山，声称“货不能来”。孙中山无法，只好一面资遣会党首领，一面电告杨衢云：“货不要来，以待后命”。陈少白认为处境危险，劝孙中山离开广州，孙称自己有事要办，要陈先回香港。
27日，两广总督谭钟麟得到确报，立即派人到王家祠堂等处搜缉，陆皓东、程奎光等6人被捕。杨衢云因已有七箱军械装轮启运，仍派朱贵全、丘四等率200人前往广州，28日晨登岸时，清军早有戒备，朱贵全、丘四等多人被捕。11月7日，陆皓东、朱贵全、丘四三人同时被害，程奎光被清吏严刑逼供，被笞至六百军棍，气绝身亡。最终广州起义以失败告终，但是这也是革命党人武装起义推翻清政府的第一次尝试，因此具有十分重大的历史意义。