流感和腺病毒一样，也会发烧、咳嗽、流鼻涕。此外，感染流感很容易头痛、肌肉酸痛、倦怠，有1～2成病人有呕吐、腹泻等肠胃道症状，可以和腺病毒的典型症状（眼睛红，扁桃腺化脓）做出区别，但是初期若只有发烧、流鼻水，还是不好判别。不过这两种病毒都可以做快筛，从鼻咽处或咽喉取样筛检，几分钟就能知道结果。感染这两种病毒都可能发烧4～5天，烧退了，咳嗽会持续比较久，可能超过1～2周。
流感病毒也是以飞沫为主要传染途径，防范重点在注意咳嗽礼节、勤洗手，不同于腺病毒的是，用酒精干洗手液对防范流感病毒是有帮助的，但是最有效还是施打疫苗。
门诊常有家长提问：为什么打了疫苗还是得流感？接种疫苗要等一段时间抗体浓度才会上升，开始发挥作用，这段空窗期还是可能会得。此外，打了疫苗保护力并非百分之百，所以还是有机会得到流感，不过打疫苗可降低引发重症的机会。历年因流感而并发肺炎、脑炎，住到加护病房的病人当中，有九成到九成五并未施打流感疫苗。
夏天为什么也会得流感？目前猜测有几种因素：
＊ 虽然流感病毒喜爱寒冷天气，但在较暖和的气候中也不是无法生存，只是活力不像冬天、春天那么好。
＊ 快进入夏天，但天气不稳定，气温还不够高。
＊ 当年度疫苗病毒株未猜对也有可能。
＊ 疫苗保护力可维持6～9个月，不大能持续到一年，如果10月打，抗体在11月产生，大概到隔年春天接近夏天时，抗体就衰退，可能因此失去保护力而感染流感。
＊ 疫苗效果好，整个冬天感染人数可能没有很多，反而到了春天因抗体衰退才开始增加。
病毒变异、抗体衰退、天气因素等等，都有可能使冬天才容易得到的流感，延后到春天甚至夏天才感染。
感染流感的照顾重点与腺病毒一样，不过流感有药物可以治疗，确定诊断后赶紧投药，可缩短不舒服的时间。家长也要注意给宝宝补充水分，而在得到流感且抗体未上来前，也要观察并发症，包括：肺炎、中耳炎、鼻窦炎、脑炎等。照顾上除了避免再传染给他人之外，重点就是吃药、补充水分以及观察是否有并发症。
腺病毒和流感病毒都会引起高烧，退烧方式以退烧药物为主，不过要在医师指示下使用，即使一天使用3～4次退烧药，还是可能会反复发烧，家长千万不要过度使用退烧药，适度退烧是要让温度稍降，病人比较舒服。也不建议用酒精、冰枕退烧，可以洗温水澡加上服用医生给的药。
黄中明医师强调，发烧是免疫力的展现，可以使白血球集中以对抗病毒，并非全然是坏事，有家长担心宝宝烧坏脑子。是否烧坏脑袋多与病毒种类有关，有些病毒很容易侵犯脑部，就算没高烧也会伤害脑袋。真的只因为高烧烧坏脑子，可能要烧到摄氏42度，以流感、腺病毒高烧40度，并不至于会影响脑袋。家长要注意的是，宝宝用药退烧后，如果精神还是很差，就要赶紧就医。
另外要观察宝宝是否有脱水现象，包括嘴唇口腔黏膜较干、换尿布次数减少、皮肤失去婴儿应有的湿润感，都要小心已经有脱水。
腺病毒、流感是否应该在第一时间做区分？其实没有很必要，建议可从身边的人开始观察，例如爸爸、妈妈有感冒，是否出现发烧、头痛、肌肉酸痛，如果有，很可能就是流感，流感较有需要做快筛，因为越早用药效果越明显。腺病毒没有特效药，即使很快查出，在临床治疗上也没太大帮助。
宝宝是感染「腺病毒」还是「流感」？小心症状易混淆 宝宝发烧、咳嗽、流鼻水，是感染腺病毒还是流感？怎么区分呢？流感越早确诊有抗病毒药物可治疗，腺病毒则无特效药，到底该如何区分？
光田综合医院儿科黄中明医师表示，腺病毒与一般感冒初期症状类似，可能只是发烧、咳嗽、流鼻水，不过腺病毒有些比较典型的症状，包括眼睛红，布满血丝，以及淋巴肿、扁桃腺化脓等。此外，一般感冒不会有太多并发症，但腺病毒除了呼吸道症状，少数会出现肾炎、出血性膀胱炎，甚至并发肝炎，严重可能引发心肌炎、脑炎，但上述重症较少见。
由于腺病毒有多达五十种以上的血清型，症状很多样。初期多只是呼吸道症状，有些只是单纯咽喉肿、眼睛肿、发高烧，有些小朋友会出现肠胃炎，甚至有出现肠套叠的案例。
腺病毒是透过飞沫传染（包括打喷嚏、流鼻水），而大便中也有病毒存在，所以也会借由粪口传染，但不至于像麻疹一样，经由空气就会散播病毒。它的潜伏期，约2～14天都有可能，还未出现发烧就具传染力，所以常见幼儿园一下子出现很多病例。至于腺病毒是否有好发季节？若纯粹呼吸道症状，多发生在冬天、初春，但很多型别是不分四季都会出现，所以不像流感较常出现在特定季节。
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感染腺病毒无药物可治疗，主要采支持性疗法，适度给予退烧，并观察宝宝活力。典型腺病毒会很高烧，动辄摄氏40度，而且烧的时间很长，5～7天都有可能，不过腺病毒有个特点，宝宝一旦退烧，精神活力很不错。
家长在照顾上比较要注意的是水分的补充，同时观察宝宝是否会喘，主要担心病毒侵袭到下呼吸道，假如退烧后精神状况不错，多是典型腺病毒感染，不大会有严重并发症，只需耐心等待恢复，饮食方面没有特别禁忌，重点还是在补充足够水分。
当然最重要的是平时的预防，台湾并没有常规使用腺病毒疫苗。除了小婴儿容易感染之外，免疫不全的成人也是高危险群，即使正常成人也会群聚，因此，美国部队曾使用疫苗以防止群聚感染，尤其有些型别容易引发肺炎，所以会让部队接种活性口服腺病毒疫苗，但这支疫苗并未建议使用在小朋友身上。
预防方式主要在勤洗手、注意咳嗽礼节，病人一定要戴口罩；此外，由于腺病毒本身的结构上是没有套膜的，所以用酒精干洗手液没什么预防效果，最好还是用肥皂、清水洗手；玩具则建议使用稀释过的漂白水进行消毒。
腺病毒类型多，并不会感染一次即终身免疫，门诊很常见小朋友反复感染，婴儿室也容易发生群聚感染。越小的宝宝感染，症状越严重，因为婴儿来自母体的抗体浓度会逐渐衰弱，加上自己的免疫系统还未成熟，另外，免疫不全病人症状也比较厉害。