本发明公开了一种剔除筛选标记基因的植物双元表达系统，由目的基因表达载体和筛选标记基因载体组成，目的基因表达载体包括
启动子及其下游的转录激活因子基因，以及一个多克隆位点；筛选标记基因载体包括所述转录激活因子识别的
顺式作用元件及其下游的筛选标记基因。用上述载体共转化植物，转录激活因子与顺式作用元件相结合，激活筛选标记基因的表达，达到对转基因植物进行筛选的目的，而在后代中由于
减数分裂的作用，转录激活因子与有顺式作用元件及其下游的筛选标记基因发生分离，从而获得不含有筛选标记基因的转基因植株。该剔除筛选标记基因的植物转化方法具有共转化效率高、剔除筛选标记基因简易方便的优点，可用于培育安全性转基因植物。