专门性的水文地质调查工作，一般都是分阶段进行的，其原因主要在于：①专门性水文地质调查是为专门目的或工程建设项目服务的，而项目的设计工作一般都是分阶段进行的，不同设计阶段所需水文地质资料的内容和精度也有不同的要求，为满足设计的需要，水文地质调查工作亦应划分为相应的阶段进行；②把调查工作分为不同的阶段，可以使整个调查工作有次序、有侧重，逐渐深入进行，可使我们对调查区水文地质条件的认识由浅入深，防止某些疏忽、遗漏或片面性，避免在调查工作中犯重大的、全面性的错误。
不同任务的专门性水文地质调查工作，其调查阶段的划分一般是各不相同的。其中，我国不同部门对供水水文地质调查阶段的划分如表1-1。由表1-1可看出，就供水勘查来说，阶段划分及任务是基本一致的，仅调查阶段的名称有所不同。
表1-1 我国不同部门对供水水文地质调查阶段的划分
通常，水文地质调查原则上可分为水文地质普查、水文地质初步勘探（简称初勘）、详细勘探和开采四个阶段。其中初步勘探和详细勘探也统称水文地质勘探阶段。一般水文地质普查属于综合性水文地质调查，水文地质勘探属于专门性水文地质勘查。
（1）水文地质普查阶段。它是为经济建设规划提供水文地质资料而进行的区域性综合水文地质调查工作，采用的比例尺一般为1：20万～1：10万。调查工种以水文地质测绘为主，配合少量的勘探和试验工作，其主要任务是查明区域地下水形成的初步规律，提供区域水文地质条件资料，并概括地对区域地下水量和开发远景作出评价，为国民经济远景规划和为水文地质勘探设计提供依据。具体要求是初步查明主要含水层的埋藏和分布特征，地下水形成条件，地下水类型，地下水的水质，补给与排泄条件，运动规律等。
（2）水文地质初勘阶段。它是在水文地质普查的基础上，为某项生产任务而进行的专门性水文地质勘查工作。主要工作是进行大中比例尺（1：10万～1：5万）的水文地质测绘、少量的水文地质勘探、试验和一定时期的地下水长期观测工作。本阶段的任务是较确切的查明地质条件和地下水形成条件、赋存特征，初步评价地下水资源，进行水源地方案比较，初步圈定供水开采地段（或重点排水地段），预测水量、水质和水位变化，提出合理开发（或疏干）措施，为供（排）水初步设计或布置详细勘探工作提供依据。
（3）水文地质详勘阶段。通常是在初勘圈定的地段上进行进一步的详细勘探和研究，主要工作以勘探、试验为主，并要求有一年以上的长观资料，且要进行全面的室内实验、分析和研究，该阶段的工作比例尺一般为1：2.5万～1：1万或更大。该阶段的任务是精确地查明调查区的水文地质条件，对水质水量做出精确的全面评价，提出合理开采方案，为技术（施工）设计提供依据。
（4）开采阶段。主要工作是进行水源地开采动态的研究，必要时辅以补充勘探、专门试验等，查明水源地扩大开采的可能性，或研究水量减少、水质恶化和不良工程地质现象等发生的原因，验证地下水的允许开采量（可开采量），为合理开采和保护地下水资源，为水源地的改、扩建设计提供依据，在条件具备时，建立地下水资源管理模型及数据库。
对某个具体工程勘查项目应划分为几个勘查阶段，应根据当地水文地质条件的复杂程度，工程建设项目的规模和重要性及已有水文地质研究程度等具体确定，例如：
（1）调查区的水文地质条件极复杂，需水量（或排水量）大，在详细勘探之后，则应进行开采阶段的水文地质工作，亦称专题性的水文地质勘探。
（2）已有1：20万或1：10万比例尺的区域水文地质调查成果，或者供水工程项目规模较小，可不进行普查阶段（或规划阶段、前期论证阶段）的调查工作，或只进行补充性的调查工作。
（3）如供水工程项目无不同的水源地比较方案，则可将初勘和详勘合并为一个勘探阶段。
（4）需水量较小的单个厂、矿、企事业单位的供水工程项目，当水文地质条件又不十分复杂，只需开凿2～3个钻孔即可满足需水量需要时，可采用勘探开采结合方式，直接进入开采阶段的调查。
（5）对于农田灌溉供水水文地质调查，鉴于农田供水的保证程度较低，故一般只需划分为普查、详查和开采三个调查阶段。
（6）对于矿床水文地质调查阶段的划分，一般应与矿床水文地质勘探阶段划分相一致，划分为普查找矿、初勘与详勘三个阶段。