民事案件不允许撤诉的情形是：
1、当事人申请撤诉，或者依法可以按撤诉处理的案件，如果当事人有违反法律的行为，需要依法处理的，人民法院可以不准许撤诉或者不按撤诉处理；
2、法庭辩论终结后原告申请撤诉，被告不同意的，人民法院可以不予准许；
3、公益诉讼案件的原告在法庭辩论终结后申请撤诉的，人民法院不予准许。
人民法院对下列起诉，分别情形，予以处理：
1、属于行政诉讼受案范围的，告知原告提起行政诉讼；
2、双方当事人达成书面仲裁协议申请仲裁、不得向人民法院起诉的，告知原告向仲裁机构申请仲裁；
3、应当由其他机关处理的争议，告知原告向有关机关申请解决。
【法律依据】
《《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》
第二百三十八条当事人申请撤诉或者依法可以按撤诉处理的案件，如果当事人有违反法律的行为需要依法处理的，人民法院可以不准许撤诉或者不按撤诉处理。法庭辩论终结后原告申请撤诉，被告不同意的，人民法院可以不予准许。
第二百九十条公益诉讼案件的原告在法庭辩论终结后申请撤诉的，人民法院不予准许。