001 云霄飞车杀人事件
剧情简介：某日，工藤新一和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。
013 奇妙的寻人杀人事件
剧情简介：阿笠博士送给柯南一幅追踪犯人眼镜，柯南本想把发信器粘在小兰身上，却阴错阳差的粘在了来侦探事务所找爸爸的雅美手表上，根据女孩提供的信息柯南在赛马场找到了女孩的爸爸健三，事情本应就此结束，可第二天传来的却是健三的死讯...
054 电玩公司杀人事件
剧情简介：一个自称柯南妈妈的陌生女人来接他，柯南第一反应就是她可能是黑衣组织的人，因为她清楚柯南家的底细以及他的真实身份，期间，柯南虽趁机逃脱，但去找阿笠博士的时再次候被抓，他听到了那个女人和一个面具男讨论交易药物的事情，待他们离开后柯南按照那伙人留下了线索找到交易地点，可不幸的是他行迹暴露，面具人对他枪口相向
128 黑衣组织十亿元抢劫事件
剧情简介：某天，小说家任太朗的女儿香保里来到小五郎的事务所，拜托他找两个月前留下纸条就突然失踪的父母，可奇怪的是任太朗每个星期连载的小说却会按时传真到出版社，于是，柯南一行人赶到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了几点难以理解的部分，然而这些就是拯救任太朗的主要线索
129 来自黑暗组织的女子
剧情简介：服部平次邀请柯南与毛利和小兰来大阪参观旅行，一行人在旅行途中遇上一件离奇坠楼死亡事件。而这与之前的杀人案有着惊人的相似，疑似连续杀人案件。在柯南与平次对案情细心的推敲下发现整个案情指向一位女关系人，而就在这时她却惨遭灭口，案情越趋险。
309 与黑暗组织的接触(交涉篇)
剧情简介：柯南等人受邀参加假面超人影迷俱乐部的派对，派对还没开始多久，突然冲出一名叫三岛的男子将假扮成突击警察的本田先生射杀，继而自己又举枪自尽。所幸的是本田穿了件防弹衣，只是轻微受伤，并无生命危险。眼见不一定为实，在大家都以为三岛是自杀的时候，柯南察觉到这其实是件蓄意谋杀案。
310 与黑暗组织的接触(追迹篇)
剧情简介：前往洋子演唱会的途中，小五郎弄丢了门票，这时，碰巧遇到了一个叫青岛全代的小姐，她表示如果能接她妹妹听演唱会，就愿意把多余的门票让给小五郎。当大伙儿到全代的家时发现她的妹妹美菜在一个密闭的浴室中状似自杀死亡多时，这个浴室的门窗缝隙全部从内部用胶带贴住...
311 与黑暗组织的接触(决死篇)
剧情简介：少年侦探团从事务所的答录机上听到天气播报员浅野亚纪的留言，便私自决定代替小五郎去处理事件，来到电视台后，亚纪热情招待大家，还记下了柯南的call机的号码，期间，亚纪接到了一通电话匆匆离去。在等待的过程中，柯南的call机收到了亚纪发来的留言
425 黑色的冲击!黑衣组织的魔爪伸来的瞬间
剧情简介：次日，暮目警官来到石本的公司询问案件，石本说出了自己曾被平冈威胁的事，本以为案子就以认定平冈为凶手了结的时候，躲在社长室的柯南发现曾与幸子见面的男子从屋子里拿走了一个遥控器，而这名可疑男子其实是幸子的男朋友柴田健一。小五郎让所有案件相关人员来到派对现场并说柴田就是凶手
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
剧情简介：玉之助半夜悄悄出门，妹妹小惠和柯南暗中跟踪到了剧团，两人刚进剧团就在舞台上发现了被人打昏了玉之助和剧团经理系江的尸体，而她的身边有一张纸条和许多木屑。虽然玉之助昏迷但是他却被认定为重要嫌犯，当柯南再次来舞台调查时，他突然想到了什么便匆忙赶往医院，并通知警方好好保护玉之助
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
剧情简介：柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索
491集~504集（红与黑的碰撞篇）
剧情简介：柯南将取得了本堂瑛祐小时候和父亲的照片一事，及瑛祐的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。两人觉得瑛祐的父亲与黑衣组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了瑛祐。瑛祐手持水无怜奈的照片向护士打听着什么……
581 摇曳的红色目标
剧情简介：为了找寻灰原存有药物资料的磁盘，柯南一行找到了她姐姐明美的老师广田教授，赶到时却发现教授死在一个密封的室内，经过鉴识认定是后脑勺遭到重物撞击而死，但这其实是一件蓄意杀人案可疑人物锁定在白仓、细矢和盛冈三人身上，就在柯南的推理遇到瓶颈时，灰原的一句话点醒了他...
622 紧急事态252(前篇)
剧情简介：因为山上时常有人白天生起营火的缘故，柯南并不能根据浓烟判断小哀等人的位置，柯南现在急于找出凶手问出同伴的下落。火势蔓延的很快，小哀迫于无奈只能吃下解药带着孩子们冲出了木屋，柯南已经根据自己的推理找到了真正的凶手，但被光彦传出去的影片将会带给他们很大的麻烦。
623 紧急事态252(后篇)
剧情简介：柯南与伙伴们一起搭乘上了铃木号特快车参加活动，位于八号车的伙伴们神情非常诡异，车厢里举办的是推理游戏，柯南和少年侦探团等人也顺势参加，而小哀能够清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在进行的推理游戏竟然转变成了真正的密室杀人事件，柯南能从人群中揪出凶手来吗？