在结构方面，元以前城门洞上部一般做成梯形，用柱和梁架支撑，从元代起已有一些城门用半圆形砖券，如1969年发掘的元大都和义门瓮城城门洞，是1358年(元至正十八年)修建的，用四层砖券砌筑，不用伏砖，四券中仅一个半券的券脚落在砖墩台上，说明当时起券技术尚未完全成熟，是从唐宋以来“过梁式”木构城门发展到明清砖券城门的过渡形式，到了明清则全部采用砖券。建筑方面，15世纪出现了全部用砖券结构的无梁殿，并盛行于16世纪中、晚期。华北黄土地区的窑洞住宅内部也陆续采用砖券，说明这时候砖券结构已普及各地。
随着伊斯兰教而传人的穹窿顶，通常建于方形平面上，其结构方式有二：一种是由元代一直延续至清朝的新疆维吾尔族陵墓，在面积不大时，穹窿直接放在方形厚墙上，面积太大时，顶下用连续小栱构成多边形数层，作为圆顶与方形平面间的过渡。另一种方式见于内地礼拜寺中，是在方形平面四角用砖叠涩及砖制斗栱出跳，上承穹窿顶，而当面积较大时，则如北京、杭州等处少数明代清真寺大殿，在汉族形式的屋顶下并列三座穹窿。这种在内地发展起来的砖砌穹窿顶，到了明中叶发展成为多层的斗八形状，如在太原永祚寺、苏州开元寺无梁殿中所见到的，就是这种砖结构。