存货盘亏应记入待处理财产损溢科目。
存货盘亏批准之前的账务处理是，
借：待处理财产损益，
贷：库存商品等科目，
应交税费—应交增值税（进项税额转出）。
存货盘亏批准之后的账务处理是，
借：其他应收款，
营业外支出等科目，
贷：待处理财产损益。
存货盘亏：
存货盘盈是指单位清查出无账面记载或反映的库存材料、低值易耗品、在产品和产成品等。根据存货盘点表、经济鉴证报告或证明、其他材料（保管人对于盘盈的情况说明、价值确定依据等）进行认定。
企业进行存货清查盘点，应当编制“存货盘存报告单”，并将其作为存货清查的原始凭证。经过存货盘存记录的实存数与存货的账面记录核对，若账面存货小于实际存货，为存货的盘盈；反之，为存货的盘亏。对于盘盈、盘亏的存货批准处理前要记入“待处理财产损溢”科目，待查明原因进行处理。
相关规定：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，非正常损失货物的进项税额不得从销项税额中抵扣。但在日常税务稽查中，我们经常会遇到企业存货盘亏未作进项税额转出或虽作进项税额转出但计算不准确的问题，这就需要大家在稽查过程中严格执行税务稽查的工作规程和法定程序，选择正确的检查方法和合理的检查步骤，确保进项税额转出金额的准确性。
存货盘盈与固定资产盘盈的区别：
《企业会计准则第28号—会计政策、会计估计变更和差错更正》第11条中提到“前期差错通常包括计算错误、应用会计政策错误、疏忽或曲解事实以及舞弊产生的影响以及存货、固定资产盘盈等。”
存货和固定资产的盘盈都属于前期差错，但存货盘盈通常金额较小，不会影响财务报表使用者对企业以前年度的财务状况、经营成果和现金流量进行判断，因此，存货盘盈时通过“待处理财产损溢”科目进行核算，按管理权限报经批准后冲减“管理费用”，不调整以前年度的报表。
而固定资产是一种单位价值较高、使用期限较长的有形资产，因此，对于管理规范的企业而言，在清查中发现盘盈的固定资产是比较少见的，也是不正常的，并且固定资产盘盈会影响财务报表使用者对企业以前年度的财务状况、经营成果和现金流量进行判断。因此，固定资产盘盈应作为前期差错处理，通过“以前年度损益调整”科目核算。