运费发票可以抵扣进项。
《国家税务总局关于铁路运费进项税额抵扣问题的补充通知》（国税函[2005]332号）第一条规定，“增值税一般纳税人购进或销售货物（固定资产除外）所支付的运输费用（包括未列明的新增的铁路临管线及铁路专线运输费用）准予抵扣。准予抵扣的范围仅限于铁路运输企业开具各种运营费用和铁路建设基金，随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得抵扣。”
根据上述规定，增值税一般纳税人购进或销售货物所支付的运输费用，准予从销项税额中计算抵扣进项税额的仅限于铁路运输企业开具各种运营费用和铁路建设基金，其他的费用不能计算抵扣。