学校源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工）；1970年，在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院；1981年成为首批具有博士、硕士学位授予权单位；1994年，更名为哈尔滨工程大学。
截至2020年9月，学校占地面积138.35万平方米，建筑面积107.93万平方米，图书馆共有藏书705.65万册；设有17个学院（系、部），63个本科专业；拥有博士后科研流动站12个，博士后科研工作站2个，一级学科博士点14个，一级学科硕士点32个，博士专业学位类别2个，硕士专业学位类别9个；有教职工2907人；在校生29000余人。
截至2019年9月，学校拥有博士后科研流动站12个，博士后科研工作站2个，学术学位一级学科博士点14个，学术学位二级学科博士点1个，专业博士学位授权类别2个，学术学位一级学科硕士点32个，学术学位二级学科硕士点5个，专业硕士学位授权类别6个，专业硕士学位授权领域25个；有国家一级、二级重点学科各1个，国防特色学科10个，黑龙江省重点学科群1个，黑龙江省一级重点学科11个；入选“985优势学科创新平台”建设1个。