理论上不存在这个情况，因为毕业证上的编号就是从教育部数据库导出的。如果出现这种情况了，你确定毕业证书真实性没问题可以去做学历认证报告。认证报告同样可以上网查询。
学信网档案上的证书编号，就是毕业证书上的编号，是完全一致的编号。
学信网查询范围：国家承认的各类高等教育学历证书（含学历证明书）。包括研究生、普通本专科、成人本专科(注册进度)、网络教育(注册进度)、开放教育、高等教育自学考试(注册进度)以及高等教育学历文凭考试(注册进度)等。其中，研究生、普通本专科的学历证书已实现在线即时电子注册。
毕业证书属于学历证书，是一本证书。但是，学位证≠毕业证，这是两个相互独立的证书。学位是学术称号，学历是学习经历。有某种学位，不一定有某种相应的学历；同样，有某种学历，并不一定有相应的学位。特别提示两点：第一，在我国学历证书比学位证书更重要，毕业后找工作，尤其是想进企事业单位、报考公务员等首要要求往往是有本科毕业证。专科学历的朋友要尽快提升学历，无论是通过成考、自考、网络教育还是国家开放大学，至少要取得本科学历，切记切记。第二，高等学校离校学生学历证书遗失或者损坏后不予补办，只能学生本人向原毕业学校申请，出具相应的“学历证明书”。如果找工作时无法出示毕业证书原件，即使应聘者学历证明书上的证书编码学信网可查，也会大大降低单位对应聘者的印象分，所以一定要妥善保管。
望以上内容能对您有所帮助，如果还有问题请咨询专业律师。
【法律依据】：
《中回华人民共和答国高等教育法》规定：国家实行高等教育自学考试制度，凡是通过考试合格的，一律颁发给相应的学历证书。
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