九江学院的学术结构丰富多样，涵盖了多个学科领域。以下是九江学院的二级院系详细列表:
01. 商学院，致力于经济与管理学科的教学和研究。
02. 政法学院，专注于法律和政治教育，培养法律专业人才。
03. 文学与传媒学院，提供文学和传播学课程，培养传媒和写作人才。
04. 理学院，涵盖了数学、物理、化学等多个自然科学领域。
05. 化学化工学院，专注于化学和化工科学的教学与研究。
06. 机械与材料工程学院，致力于机械与材料科学的教育与技术创新。
07. 护理学院，注重护理学教育和实践技能的培养。
08. 土木工程与城市建设学院，关注城市建设与工程领域的教育与实践。
09. 基础医学院，为医学教育打下坚实的基础。
10. 旅游学院，培养旅游管理和相关服务的专业人才。
11. 继续教育学院，提供成人教育和进修课程。
12. 艺术学院，培养视觉艺术和表演艺术的创新人才。
13. 体育学院，注重体育教育和健康促进。
14. 信息科学与技术学院，涵盖了计算机科学和技术等多个现代科技领域。
15. 临床医学院，致力于医学教育和临床实践的结合。
16. 师范学院，专注于教育学和教师培养。
17. 外国语学院，提供语言学习和跨文化交流的机会。
18. 电子工程学院，关注电子技术与信息技术的教学与研究。
19. 会计学院，培养财务与会计专业人才。
20. 生命科学学院，研究生命科学的基础理论和应用技术。
21. 国际交流学院，推动国际合作与学术交流。
九江学院是经国家教育部批准设立的全日制综合性本科国有公办普通高等院校， 面向全国30个省（市、自治区）招生。办学历史可上溯至1901年由美国基督教卫理公会创办的但福德学校，现办学体制为军地共建、省市共建。