农村综合改革是农村税费改革进入取消农业税的新阶段，中央为巩固农村税费改革成果和建设社会主义新农村提供体制机制保障和动力源泉所做出的一项重大决策。主要内容有三项：一是乡镇机构改革，二是农村义务教育改革，三是县乡财政体制改革。此外还要统筹推进农村金融体制改革，完善粮食流通体制改革，加快征地制度改革等。主要深化措施有：第一，以转变政府职能为重点推进乡镇机构改革；第二，以落实教育经费保障机制为重点推进农村义务教育改革；第三，以增强基层财政保障能力为重点推进县乡财政管理体制改革；同时，要统筹好农村其他方面的改革，包括推进征地制度改革，深化林权制度改革，积极发展农民专业合作组织，继续清理和化解乡村债务等。