我来说下个人的看法。
当明太祖朱元璋逝世后，不久燕王朱棣便开始了“奉天靖难”，最终夺了侄子的天下。双方成为仇敌有着众多因素，主要有如下几点：
朱棣有能力有野心，对太祖安排非常不满
我们都知道朱元璋在决定将皇位交给朱允炆后，曾大规模清洗功勋贵胄。明朝开国功臣，基本被消灭殆尽。然而，明王朝依然面临非常严峻的北方威胁：被赶走的蒙古人，时常南下打秋风。身为明帝国的守护者，朱元璋有义务保卫边疆民众的安稳生活。
虽然，朱元璋数次北伐打击蒙古人，甚至还在洪武二十一年彻底剿灭了北元。但是，北方的生产生活条件艰苦，而明王朝又闭关断了商贸，蒙古人不得不南下劫掠。而朱元璋的屠戮将有能力的武将统统解决了，到了洪武后期，边患加剧。
为了解决北方的防守问题，朱元璋将目光投向了自己的几十位皇子。在很早前，朱元璋便开启分封诸子的措施。只不过，此时仅仅是为了他们能够有个美好的生活。而当武将不再被信任后，朱元璋开始让诸藩王成为统兵将领，守卫帝国北疆。
在这个过程中，北方的四子燕王朱棣逐渐崭露头角，成为了北方防务的主要力量。燕王领十几万，驻守之前的元都城。
此外，朱棣对帝位也曾虎视眈眈。当太子朱标逝世后，朱棣身为活着的诸子老大，再加上领兵北代中立下的赫赫战功，他觉得自己将必然得到皇位。却不想，太祖没有这个想法，给了他一句”尔其统率诸王，相机度势，防边乂民，以答天心，以副朕意。“
让他非常不满却也无可奈何，只能顺从朱元璋安排，在北方好好待着，为自己侄子守卫边疆。
朱允炆继位后，急于削藩，能力不足，被朱棣所趁
其实，当朱允炆继位后，明王朝北方有九王戍边，称为：守边九王。他们虽对外扬大明国威，但也让南方的侄皇帝战战兢兢。这些手握重兵的皇叔们，实在让年轻的皇帝无法安心。
不久后，朱允炆在幕僚的黄子澄、齐泰和方孝孺的支持开始了削藩之举。这就让逍遥惯了的藩王，十分难受。大家敢怒不敢言看着身边的兄弟被削职为民，心中惶惶不安。在朱允炆的步步紧逼之下，朱棣选择了反抗。其他人虽不会大力支持，但也肯定不可能全力支持朱允炆。
其实，在开始朱允炆拥有巨大的优势。但一方面前线将领受困于他旨意：不得伤害朱棣。这就很难受了，每次大战朱棣像神兵附体般，左突右冲无人敢伤他。而朱允炆身边又没有合格的统帅，最后被朱棣打败，自己也消失在了茫茫人海。
综上所述，双方成为敌人，是相互的。一方有野心不甘心成为庶民，而另一方却着急削藩，最终走向了对立面。