肠道菌代谢产物如
短链脂肪酸在机体生理和病理过程中扮演着重要角色。粪便中短链脂肪酸的测定是研究
肠道菌群结构和功能的重要研究手段之一。短链脂肪酸具有挥发性，且基质复杂，增加了粪便中短链脂肪酸分析的难度。
短链脂肪酸主要有乙酸、
丙酸、丁酸等。肠道短链脂肪酸参与肠
上皮细胞的能量供应，可影响肠腔pH和电解质平衡、肠粘膜屏障的通透性、肠道高敏感和肠道动力的调节、抗炎及抗癌作用等。
大部分短链脂肪酸在肠道被吸收发挥作用，有少量短链脂肪酸可在粪便中被检出，粪便中的短链脂肪酸浓度一定程度上可反映肠道产生的短链脂肪酸的产生及生物利用情况，帮助了解短链脂肪酸与消化系统疾病的关系。同时粪便中短链脂肪酸浓度受饮食结构（决定底物性质和种类）、结肠传输时间、肠道菌群结构等因素的影响。